在R中使用带有网格包的Python - 找不到Numpy

Posted 2021-05-03

我开始使用reticulate包，它允许在R环境中使用Python，并希望使用sklearn执行均值移位聚类。所以这是我的尝试：

> library(reticulate)
> np <- import('numpy')
> sklearn <- import('sklearn')
> sklearn.MeanShift <- sklearn$cluster$MeanShift
> x <- matrix(rnorm(20), 10, 2)
> sklearn.MeanShift(x)
Error in py_call_impl(callable, dots$args, dots$keywords) : 
  Evaluation error: Required version of NumPy not available: installation of Numpy >= 1.6 not found.

正如你所看到的那样，numpy在调用sklearn函数时没有找到，而reticulate::import导入时没有问题。我还检查了我在conda提示符中的numpy版本，它是1.15.4。 py_numpy_available()也会返回false。我的reticulate配置是：

python:         C:UsersjakesANACON~1python.exe
libpython:      C:/Users/jakes/ANACON~1/python37.dll
pythonhome:     C:UsersjakesANACON~1
version:        3.7.1 (default, Oct 28 2018, 08:39:03) [MSC v.1912 64 bit (AMD64)]
Architecture:   64bit
numpy:           [NOT FOUND]
scikit-learn:   [NOT FOUND]

python versions found: 
 C:UsersjakesANACON~1python.exe
 C:UsersjakesAnaconda3python.exe

我该如何解决这个问题？

答案

有关更多信息，请查看this thread。

尝试使用R对象作为参数从python脚本调用函数时，我遇到了同样的错误。显然这是因为Python没有被添加到你的PATH（这是在Anaconda安装期间提出的建议），这可以防止网格在初始化python时发现numpy。在用网格初始化之前将python添加到R中的PATH是解决了我的问题的原因。所以从前面提到的线程：

if(.Platform$OS.type == "windows") Sys.setenv(PATH= paste("C:/Anaconda3/Library/bin",Sys.getenv()["PATH"],sep=";"))
library(reticulate)