从PosixPath，Python中读取DICOM对象

Posted 2021-05-02

我有20,000个PosixPath，每个指向一个不同的.dcm对象。我需要逐个读取.dcm对象。到目前为止，这是我的代码：

from pathlib import Path
import glob
import dicom
data = Path('/data')
path_to_dcm_objects = list(data.glob('**/*.dcm'))
for i in len(path_to_dcm_objects):
    record = dicom.read_file(path_to_dcm_objects[i])

当我想使用其PosixPath读取.dcm文件时出现错误：

AttributeError: 'PosixPath' object has no attribute 'read'

任何帮助，将不胜感激。

答案

dicom.read_file()需要一个打开的文件对象或一个字符串作为路径而不是Path实例。如果它不是字符串，则认为它是一个打开的文件并尝试从中读取。

使用Path将str(path_object)实例转换为字符串：

for i in len(path_to_dcm_objects):
    record = dicom.read_file(str(path_to_dcm_objects[i]))

将Path对象转换为字符串的帮助：

返回路径的字符串表示形式，适合传递给系统调用。

您还可以使用：

 path_object.as_posix()

这给你一个Posix路径：

使用forward（/）斜杠返回路径的字符串表示形式。

顺便说一下，迭代所有路径的pythonic方式看起来更像是这样：

for path_obj in data.glob('**/*.dcm'):
    record = dicom.read_file(str(path_obj))