Python3,Bio Entrez,PubMed:是否可以获取一篇文章被引用的次数?
Posted
tags:
篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了Python3,Bio Entrez,PubMed:是否可以获取一篇文章被引用的次数?相关的知识,希望对你有一定的参考价值。
我正在使用Entrez来搜索Pubmed上的文章。是否可以使用Entrez来确定使用搜索参数找到的每篇文章的引用次数?如果没有,是否可以使用其他方法?到目前为止,我的谷歌搜索还没有太多。
注意:引用文献的数量(在我的上下文中)是有关文章在其他文章中被引用的次数。
我发现的一件事:https://gist.github.com/mcfrank/c1ec74df1427278cbe53这可能表明我可以获取也在Pubmed数据库中的文章的引用次数,但是(对我而言)尚不清楚如何使用它来确定每篇文章的引用次数。
以下是我当前正在使用的代码(我希望在引文数量中添加'打印'行:]
#search pubmed
from Bio import Entrez
from Bio import Medline
search_string = r'("Blah Blah")'
Entrez.email = "hello_world@example.com"
handle = Entrez.egquery(term=search_string)
record = Entrez.read(handle)
count = 0
for row in record["eGQueryResult"]:
if row["DbName"]=="pubmed":
print("Number of articles found with requested search parameters:", row["Count"])
count = row["Count"]
handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term=search_string, retmax=count)
record = Entrez.read(handle)
handle.close()
idlist = record["IdList"]
handle = Entrez.efetch(db="pubmed", id=idlist, rettype="medline", retmode="text")
records = Medline.parse(handle)
records = list(records)
x=1
for record in records:
print("(" + str(x) + ")")
print("Title:", record.get("TI", "?"))
print("Authors: ", ", ".join(record.get("AU", "?")))
print("Pub Date:", record.get("DP", "?"))
print("Journal:", record.get("JT", "?"))
print("DOI:", record.get("LID", "?")[:-6])
#print("number of citations:", get.number_of_citations) #<--what I am requesting help about
print("
")
x += 1
答案
我通过编写脚本来解决这个问题,该脚本会在托管出版物的实际网站中进行爬网(使用DOI来查找网址),然后该脚本从该站点的xmlx数据中解析引文数量。不幸的是,这种方法仅适用于我感兴趣的特定期刊。
如果有兴趣的话,可以使用WebOfScience。它会执行此操作,并提供更多的引文数据,例如每年的引文以及总引文数量和更多数据。缺点是WebOfScience并非免费服务。
以上是关于Python3,Bio Entrez,PubMed:是否可以获取一篇文章被引用的次数?的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章