无法在Snakemake规则中使用conda环境导入python模块

Posted 2021-04-10

我用python 3.5创建了一个Conda环境，以便运行Snakemake工作流程。我在Snakemake规则中使用单独的Conda环境。我想使用python2 libs运行其中一个，但是在这里我似乎无法导入特定的模块。

这是我的规则环境：

channels:
  - conda-forge
dependencies:
  - zeep

我的规则是使用python2调用python脚本：

python2 my_script.py

并且python脚本包含此导入：

from zeep import Client

当我运行工作流程时，我收到此错误：

ImportError: No module named zeep

这可能是与python版本相关的问题吗？

答案

由于您没有在规则环境中指定Python版本，因此我假设它选择Python 3.5作为默认值。如果您像这样修改环境：

channels:
  - conda-forge
dependencies:
  - python=2.7.13
  - zeep

环境将使用Python 2.7.13，脚本将工作。