将python Dataframe转换为Matlab文件

Posted 2021-04-09

我试图将python Dataframe转换为Matlab（.mat）文件。

我最初有一个使用panda.read_csv导入的txt（EEG信号）：

MyDataFrame = pd.read_csv("data.txt",sep=';',decimal='.')，data.txt是带有标签的2D数组。这会创建一个类似于this的数据框。

为了将它转换为.mat，我尝试了this solution，其中的想法是将数据帧转换为列表字典，但在尝试此解决方案的每个方面之后，它仍然不成功。

scipy.io.savemat('EEG_data.mat', {'struct':MyDataFrame.to_dict("list")})

它确实创建了一个.mat文件，但它没有正确保存我的数据帧。我获得的文件看起来像this，因此所有的值基本消失了，当你看到它们时，你看到的其余标签都是空的。

我也尝试使用mat4py设计用于将python结构导出到Matlab文件中，但它也没有用。我不明白为什么，因为根据mat4py文档将我的数据帧转换为列表字典正是应该做的。

答案

我相信以前的解决方案没有对你有用的原因是你的DataFrame列名称不是有效的MATLAB struct字段名称，因为它们包含空格和/或以数字字符开头。

当我做：

import pandas as pd
import scipy.io
MyDataFrame = pd.read_csv('eeg.txt',sep=';',decimal='.')
truncDataFrame = MyDataFrame[0:1000] # reduce data size for test purposes
scipy.io.savemat('EEGdata1.mat', {'struct1':truncDataFrame.to_dict("list")})

MATLAB中的结果是一个包含4个字段reltime，datetime，iSensor和quality的结构。其中每个都有1000个元素，因此这些列中的数据已经转换，但其余数据都丢失了。

但是，如果我首先重命名DataFrame列：

truncDataFrame.rename(columns=lambda x:'col_' + x.replace(' ', '_'), inplace=True)  
scipy.io.savemat('EEGdata2.mat', {'struct2':truncDataFrame.to_dict("list")})

MATLAB中的结果是一个包含36个字段的结构。这与mat4py解决方案的格式不同，但它确实包含（据我所知）来自源DataFrame的所有数据。

（请注意，在您的问题中，您正在创建一个包含名为.mat的变量的struct文件，当它加载到MATLAB中时，它会掩盖内置的struct数据类型 - 这可能也会导致后续MATLAB代码出现问题。）

另一答案

我终于通过this post找到了解决方案。在那里，海报没有创建一个列表字典，而是一个整数字典，它在我身边起作用。这是一个很容易再现的小例子。然后我尝试通过输入像[1,2]这样的值来手动添加列表，但它不起作用。但是当我手动添加元组时，有用的是什么！

需要将MyDataFrame转换为字典，如果列表字典不起作用，请尝试使用元组。

对于初学者：列表由[]包含，元组由（）包含。 Here is an image showing both。

这对我有用：

import mat4py as mp
EEGdata = MyDataFrame.apply(tuple).to_dict()
mp.savemat('EEGdata.mat',{'structs': EEGdata})

EEGdata.mat现在应该可以被Matlab读取，因为它就在我身边。