python 2.7文件读取和拆分错误

Posted 2021-04-03

我试图根据值“，”从文件（exon coordinates.text）中读取和拆分值。我写的脚本看起来像这样：

input_dna = "input_dna.txt"
file_1 = open (input_dna).read().rstrip("
")
exon_coordinates = "exon_coordinates.txt"
file_2 = open (exon_coordinates).read().rstrip("
")

for line in file_2:
    print (line)
    positions = line.split (',')
    print (positions)
    start = int(positions [0])
    stop = int(positions [1])
    exon = file_1 [start:stop]

exon_coordinates.txt包含如下值：

0,10
19,27
38,44

input_dna.txt包含如下DNA链：

ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCATCTGATCGA

但是，当我打印位置时，输出如下：

0
['0']
,
['', '']
1
['1']
0
['0']

['
']
1
['1']
9
['9']
,
['', '']
2
['2']
7
['7']

['
']
3
['3']
8
['8']
,
['', '']
4
['4']
4
['4']

我在脚本中出错了或者我创建的exon_coordinates.txt文件出了什么问题？我是一名没有任何脚本编写经验的生物学家。我可能是一个非常基本的问题，但我真的很感谢你的帮助。非常感谢提前。

答案

你正在将字符串（'read'的结果）与字符串列表混合（你对for line in file_2的期望，我想）也许这就是你读取file_2的意思：

with open (exon_coordinates) as file_2:
    for line in file_2:
        positions = line.strip().split(',')