ggplot2 Manhattan Plots
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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了ggplot2 Manhattan Plots相关的知识,希望对你有一定的参考价值。
最经典的一种genome wide图形,可以显示全基因组的hit。
GWAS的数据
需要里面的Chr,start,bp_cum,以及最核心的p-value。
我准备的CRIPSR screen数据。
参考:
- How I Create Manhattan Plots Using ggplot
- http://localhost:17435/notebooks/tmpData/ApcKO_cellranger/psi/R_process.ipynb
以上是关于ggplot2 Manhattan Plots的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章
R语言ggplot2可视化:ggplot2可视化水平半小提琴图(Horizontal Half Violin Plots)
R语言ggplot2可视化使用ggridges包可视化山脊图(Ridgeline Plots):山脊图(Ridgeline Plots)应用场景受试者口服茶碱的之后观察茶碱的浓度变化的山脊图
R语言ggplot2可视化:使用patchwork包将两个ggplot2可视化结果图像垂直堆叠排列进行组合构图(vertically stack the plots)
R语言ggplot2可视化:使用patchwork包将两个ggplot2可视化结果图像水平并排排列进行组合构图(combine plots side by side)
R语言ggplot2可视化:使用plotly包的subplot函数将多个ggplot2可视化结果组合在一起形成组合plotly图(Multiple ggplot2 plots with plotly)
R语言ggplot2可视化2d密度图:可视化二维密度图并将两个二维密度图重叠起来Overlay two ggplot2 stat_density2d plots