引物设计 | Primer design

Posted 2023-06-20 Digital-LI

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篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了引物设计 | Primer design相关的知识，希望对你有一定的参考价值。

1.确定你的目标区域，这里我想PCR来确认我的gRNA是否工作。

所以我需要check我的gRNA在genome上的binding，这是我CRISPick设计的gRNA序列：AGTCGTAGGAGAGTAGGTAC

2. ucsc genome browser，BLAT，browse result，查看YourSeq。

zoom in，查看是否存在NGG的PAM序列，往左3-4个base则是CRISPR Cut的位点；

shift drag to select 200-250 bases，有200bp的scale来确定序列长度；

View - DNA - get DNA

确保DNA序列在100-300bp之间。

确定gRNA的RT序列在提取的DNA中间。

3. go to Primer3Plus website

paste DNA sequence

target parameter: 125,1

确保RT序列在两个primers之间。

4. 去IDT里订购primer序列

参考：

以上是关于引物设计 | Primer design的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章