如何在生存分析与Cox回归中计算IDI，NRI指标|附代码数据
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篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了如何在生存分析与Cox回归中计算IDI，NRI指标|附代码数据相关的知识，希望对你有一定的参考价值。
原文链接：http://tecdat.cn/?p=6095
最近我们被客户要求撰写关于生存分析与Cox回归的研究报告，包括一些图形和统计输出。
本文演示了如何在生存分析与Cox回归中计算IDI，NRI指标
读取样本数据
D=D[!is.na(apply(D,1,mean)),] ; dim(D)
## [1] 416 7
查询部分数据（结果和预测因子）
head(D)
## time status age albumin edema protime bili
## 1 400 1 58.76523 2.60 1.0 12.2 14.5
## 2 4500 0 56.44627 4.14 0.0 10.6 1.1
## 3 1012 1 70.07255 3.48 0.5 12.0 1.4
## 4 1925 1 54.74059 2.54 0.5 10.3 1.8
## 5 1504 0 38.10541 3.53 0.0 10.9 3.4
## 6 2503 1 66.25873 3.98 0.0 11.0 0.8
模型0和模型1的结果数据和预测变量集
outcome=D[,c(1,2)]
covs1<-as.matrix(D[,c(-1,-2)])
covs0<-as.matrix(D[,c(-1,-2, -7)])
head(outcome)
## time status
## 1 400 1
## 2 4500 0
## 3 1012 1
## 4 1925 1
## 5 1504 0
## 6 2503 1
``````
head(covs0)
## age albumin edema protime
## 1 58.76523 2.60 1.0 12.2
## 2 56.44627 4.14 0.0 10.6
## 3 70.07255 3.48 0.5 12.0
## 4 54.74059 2.54 0.5 10.3
## 5 38.10541 3.53 0.0 10.9
## 6 66.25873 3.98 0.0 11.0
``````
head(covs1)
## age albumin edema protime bili
## 1 58.76523 2.60 1.0 12.2 14.5
## 2 56.44627 4.14 0.0 10.6 1.1
## 3 70.07255 3.48 0.5 12.0 1.4
## 4 54.74059 2.54 0.5 10.3 1.8
## 5 38.10541 3.53 0.0 10.9 3.4
## 6 66.25873 3.98 0.0 11.0 0.8
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01
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04
推理
<span ><span ><code><span >t0</span><span >=</span><span >365</span><span >*</span><span >5</span>
<span >x</span><span ><-</span><span >IDI </span><span >(</span><span >outcome</span>, <span >covs0</span>, <span >covs1</span>, <span >t0</span>, <span >npert</span><span >=</span><span >200</span><span >)</span> ;</code></span></span>
输出
## Est. Lower Upper p-value
## M1 0.090 0.052 0.119 0
## M2 0.457 0.340 0.566 0
## M3 0.041 0.025 0.062 0
M1表示IDI
M2表示NRI
M3表示中位数差异
图形演示
本文摘选 《 R语言如何在生存分析与Cox回归中计算IDI，NRI指标 》 ，点击“阅读原文”获取全文完整资料。
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