如何在生存分析与Cox回归中计算IDI,NRI指标|附代码数据

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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了如何在生存分析与Cox回归中计算IDI,NRI指标|附代码数据相关的知识,希望对你有一定的参考价值。

原文链接:http://tecdat.cn/?p=6095

最近我们被客户要求撰写关于生存分析与Cox回归的研究报告,包括一些图形和统计输出。

本文演示了如何在生存分析与Cox回归中计算IDI,NRI指标

读取样本数据

 
 D=D[!is.na(apply(D,1,mean)),] ; dim(D)
 
## [1] 416   7

查询部分数据(结果和预测因子)

 
head(D)
 
##   time status      age albumin edema protime bili
## 1  400      1 58.76523    2.60   1.0    12.2 14.5
## 2 4500      0 56.44627    4.14   0.0    10.6  1.1
## 3 1012      1 70.07255    3.48   0.5    12.0  1.4
## 4 1925      1 54.74059    2.54   0.5    10.3  1.8
## 5 1504      0 38.10541    3.53   0.0    10.9  3.4
## 6 2503      1 66.25873    3.98   0.0    11.0  0.8

模型0和模型1的结果数据和预测变量集

 
outcome=D[,c(1,2)]
covs1<-as.matrix(D[,c(-1,-2)])
covs0<-as.matrix(D[,c(-1,-2, -7)])

head(outcome)
 
##   time status
## 1  400      1
## 2 4500      0
## 3 1012      1
## 4 1925      1
## 5 1504      0
## 6 2503      1
``````
head(covs0)
 
##        age albumin edema protime
## 1 58.76523    2.60   1.0    12.2
## 2 56.44627    4.14   0.0    10.6
## 3 70.07255    3.48   0.5    12.0
## 4 54.74059    2.54   0.5    10.3
## 5 38.10541    3.53   0.0    10.9
## 6 66.25873    3.98   0.0    11.0
``````
head(covs1)
 
##        age albumin edema protime bili
## 1 58.76523    2.60   1.0    12.2 14.5
## 2 56.44627    4.14   0.0    10.6  1.1
## 3 70.07255    3.48   0.5    12.0  1.4
## 4 54.74059    2.54   0.5    10.3  1.8
## 5 38.10541    3.53   0.0    10.9  3.4
## 6 66.25873    3.98   0.0    11.0  0.8

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R语言生存分析数据分析可视化案例

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01

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04

推理  

 
<span ><span ><code><span >t0</span><span >=</span><span >365</span><span >*</span><span >5</span>
<span >x</span><span ><-</span><span >IDI </span><span >(</span><span >outcome</span>, <span >covs0</span>, <span >covs1</span>, <span >t0</span>, <span >npert</span><span >=</span><span >200</span><span >)</span> ;</code></span></span>

输出 

 
##     Est. Lower Upper p-value
## M1 0.090 0.052 0.119       0
## M2 0.457 0.340 0.566       0
## M3 0.041 0.025 0.062       0

M1表示IDI

M2表示NRI

M3表示中位数差异

图形演示

本文摘选 《 R语言如何在生存分析与Cox回归中计算IDI,NRI指标 》 ,点击“阅读原文”获取全文完整资料。


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