centos7 中singularity的安装

Posted 2023-05-23 小鲨鱼2018

 

001、系统

[root@PC1 software]# cat /etc/redhat-release
CentOS Linux release 7.9.2009 (Core)

 

002、安装依赖

[root@PC1 software]# yum install -y gcc libuuid-devel squashfs-tools openssl-devel make

 

003、安装golang

[root@PC1 software]# export VERSION=1.17.2 OS=linux ARCH=amd64
[root@PC1 software]# wget https://dl.google.com/go/go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz
[root@PC1 software]# tar -C /usr/local -xzvf go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz
[root@PC1 software]# echo \'export PATH=/usr/local/go/bin:$PATH\' >> /etc/profile
[root@PC1 software]# source /etc/profile
[root@PC1 software]# go

 

004、安装singularity

[root@PC1 software]# export VERSION=3.9.2
[root@PC1 software]# wget https://github.com/sylabs/singularity/releases/download/v$VERSION/singularity-ce-$VERSION.tar.gz
[root@PC1 software]# tar -xzf singularity-ce-$VERSION.tar.gz
[root@PC1 software]# cd singularity-ce-$VERSION
[root@PC1 singularity-ce-3.9.2]# ./mconfig --prefix=/opt/singularity/$VERSION
[root@PC1 singularity-ce-3.9.2]# cd builddir/
[root@PC1 builddir]# make && make install
[root@PC1 builddir]# echo "export PATH=/opt/singularity/$VERSION/bin:\\$PATH" >> /etc/profile
[root@PC1 builddir]# source /etc/profile

 

005、测试软件

[root@PC1 builddir]# singularity --version
singularity-ce version 3.9.2

 

 

参考：

001、https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUyNzQwMjkyMA==&mid=2247484889&idx=2&sn=7f701412756d05d3c5626920f288e1d5&chksm=fa01571ecd76de0880c0dc6da9177062e6ad87fb14f85e78b77de2a3bbce65172b0bba3e253a&mpshare=1&scene=23&srcid=0522hWcBTyqTqjeu7aYFBPk5&sharer_sharetime=1684768806322&sharer_shareid=50b75c6a886e09824b582fb782a7678b#rd

002、https://www.jianshu.com/p/d0de505a8d52

 

Singularity升级

卸载旧版本

以前装的Singularity版本比较低，最近要用新功能，只能升级了。因为以前Singularity安装的时候是使用自己编译的rpm安装的，所以要安装新版本，需要先卸载已安装的老版本。

查询一下老版本的singularity包

$ sudo rpm -qa | grep -i singularity
singularity-2.5.2-1.el7.x86_64
singularity-debuginfo-2.5.2-1.el7.x86_64
singularity-runtime-2.5.2-1.el7.x86_64
singularity-devel-2.5.2-1.el7.x86_64

卸载rpm包

$ sudo rpm -e singularity-2.5.2-1.el7.x86_64 singularity-debuginfo-2.5.2-1.el7.x86_64 singularity-runtime-2.5.2-1.el7.x86_64 singularity-devel-2.5.2-1.el7.x86_64

安装新版本

下载源码包

$ export VERSION=3.2.1
$ wget https://github.com/sylabs/singularity/releases/download/v$VERSION/singularity-$VERSION.tar.gz

编译rpm包

注意：由于新版本需要使用Go语言来编译，因此需要安装Go语言开发环境，可以参考后面给的链接来安装依赖包。

$ export VERSION=3.2.1
$ rpmbuild -tb singularity-$VERSION.tar.gz (会提示安装缺少的rpm包)
$ ls -al ~/rpmbuild/RPMS/x86_64/
total 45820
drwxr-xr-x 2 admin admin       98 Aug 10 01:30 .
drwxr-xr-x 3 admin admin       19 Aug 10 01:29 ..
-rw-rw-r-- 1 admin admin 27133928 Aug 10 01:30 singularity-3.2.1-1.el7.x86_64.rpm
-rw-rw-r-- 1 admin admin 19780504 Aug 10 01:30 singularity-debuginfo-3.2.1-1.el7.x86_64.rpm

安装

$ cd ~/rpmbuild/RPMS/x86_64/
$ sudo yum install *.rpm

安装完成后重新开一个终端，运行singularity命令测试安装是否成功。

参考

• https://sylabs.io/guides/3.2/user-guide/installation.html#install-on-linux