R语言绘制稀释曲线

Posted 2023-05-18

参考技术A alpha多样性指数的大小是与使用的ASV/OTU表的抽平深度有关，为探究样本alpha多样性随抽平深度的变化曲线，可绘制稀释曲线（rarefaction curve），这是生态领域的一种常用方法。

稀释曲线通过从每个样本中随机抽取一定数量的序列（即在不超过现有样本测序量的某个深度下进行重新抽样），可以预测在一系列给定的测序深度下，所可能包含的物种总数及其中每个物种的相对丰度。因此，通过绘制稀释曲线，还可以在相同测序深度下，通过比较样本中ASV/OTU数的多少，从而在一定程度上衡量每个样本的多样性高低。

Richness指数（物种丰富度指数）的Alpha多样性曲线在很多情况下等同于稀释曲线（rarefaction curve）。下面我开始绘制简单的稀释曲线和Richness指数曲线。

数据文件长这样：

1.调用相关R包，读取otu物种丰度表；

2.定义函数；

3.vegan包rarecurve()可以直接绘制稀释曲线；

4.下面绘制Richness指数曲线

稀释曲线可直接反映测序数据量的合理性，并间接反映样品中物种的丰富程度，当曲线趋向平坦时，说明测序数据量渐进合理，更多的数据量只会产生少量新OTUs（物种）；反之表明不饱和，增加数据量可以发现更多OTUs。

R语言可视化包ggplot2绘制线性回归模型曲线实战（ Linear Regression Line）

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