提取bam/sam文件指定区域reads

Posted 2023-05-09

参考技术A

若想要从sam或bam文件中提取指定区域内的reads，可以使用samtools和bedtools来实现。 首先准备一个区域信息文件。region.bed #第一列为染色体ID，第二三列分别为起始终止位置
若想要从sam或bam文件中提取指定区域内的reads，可以使用samtools或bedtools来实现。
使用samtools

使用bedtools

target.bed

认识Panda3D引擎bam相关命令

看一下Panda自带命令，其中有bam相关的，来了解一下；

输入一个命令看一下，提示需要输入一个bam文件名；

 

查一下，查到一个介绍一种bam文件的资料如下，

SAM (Sequence Alignment/Map) 格式是一种通用的比对格式，用来存储reads到参考序列的比对信息。
SAM是sanger制定，是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示，当然也可以表示任意的多重比对结果。

BAM文件
    通过BGZF格式压缩后的SAM文件，一种二进制文件，可以直接理解为对SAM文件的压缩。
    BAM文件无法直接用less、cat、head、tail等常规命令打开，可用samtools -view sample.bam命令打开

上面命令需要的bam文件是否是这个？

资料说，

Bam文件的head部分以"@"开头的行，包含有"@HD"、"@SQ"、"@RG"、"@PG" 等。
@HD行表示整个文件信息，VN表示格式版本，SO表示排序信息，支持queryname、coordinate、unknown、unsorted。
@SQ行记录了参考序列的信息，一般三列，分别是@SQ、RNAME、Sequence_length。
@RG记录了样本名，测序平台等信息，内容与bwa生成bam文件时的-R参数后更的内容一致。

用记事本打开一个bam文件，

 

再用十六进制编辑器打开看看，

 

Panda的bam-info命令是查看bam文件信息；看一下，

 

不能读上面的示例bam文件；

Panda还有一个命令是转换egg文件为bam文件，egg是panda自身的模型文件格式，可以和3dmax和maya等相互转换，

    egg2bam -ps rel -o bamFileName.bam eggFileName.egg 

那么这里的bam也应是一种3d模型文件，并非前面的示例bam文件；

查一下资料，常见3d模型文件格式里面没有bam；

看一下panda手册；

Converting Egg to Bam
Panda’s native egg file format is human-readable. This is convenient, but the files can get very large, and they can a little bit slow to load. To accelerate loading, Panda supports a second native format, bam. These files are smaller and are loaded very rapidly, but they cannot be viewed or edited in a text editor. Also, bam files are specific to the version of Panda they are created with, so they are not a good choice for long-term storage of your models.

转换Egg到Bam
    Panda自己的egg文件格式是可读的。这是方便的，但是文件可能比较大，加载会有延迟。为了加速加载，Panda支持第二种格式，bam。

native format，应翻译为自带格式，bam是Panda3d引擎自带的第二种格式，第一种是egg。

bam是panda自带的二种模型文件格式之一；如果egg格式加载慢，可转换为bam格式；

操作一下看一下，

出来一个bam文件；