使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图

Posted 2023-04-27

参考技术A deeptools 提供了 computeMatrix 命令以计算特定基因组区域的ChIP-seq信号，并通过 plotHeatmap 和 plotProfile 函数分别产生ChIP-seq信号热图与谱图。

computeMatrix 提供以下两种用法以不同的参考系计算ChIP-seq的信号

--scoreFileName, -S ：输入的bw文件，可以是校正后的bw文件
--regionsFileName, -R ：BED/GTF 格式的文件，指定需要计算的基因组区域
--outFileName, -out, -o ：输出的文件
--regionBodyLength, -m ：缩放后的基因组区域长度（bp），指定的基因组区域都会被缩放至该长度
--beforeRegionStartLength, -b, --upstream ：基因组区域起始位点上游需要延伸的长度（bp）
--afterRegionStartLength, -a, --downstream ：基因组区域终止位点下游需要延伸的长度（bp）
--skipZeros ：设置后跳过只有0的位点。

--matrixFile, -m ： computeMatrix 输出的结果文件
--outFileName, -out, -o ：输出的图片名称，格式可选 “png”, “eps”, “pdf”, “svg”等
--whatToShow ：输出图片中的内容，可选： “plot and heatmap”, “heatmap only”, “heatmap and colorbar”

该模式大部分参数与 scale-regions 模式一致，不同的是：
--referencePoint ：指定参考点，可选：TSS, TES, center

如果只想单独生成ChIP-seq信号谱图可以使用 plotProfile 命令

plotProfile 的基本使用参数与 plotHeatmap 一致，这里就不再过多介绍。

以上就是使用deeptools生成ChIP-seq信号热图和谱图的简单例子，deeptools官方文档及其Gallery还有许多高级的用法与例子，有兴趣的同学可以深入学习。

完。

在热图中重用颜色键

【中文标题】在热图中重用颜色键

【英文标题】：reuse color keys across heatmaps

【发布时间】：2013-05-31 20:06:24

【问题描述】：

我正在使用热图 2 来生成热图，我想在不同的数据集中重复使用相同的颜色范围/键。

例如，我正在重复相同的实验，但在一次运行中，我的数据点在[0, 10] 范围内，而另一方面，数据点在[0, 20] 范围内。目前，热图会将red->white 映射到[0, 10] 和[0, 20]，具体取决于数据集。

有什么方法可以在我的所有热图中使用“绝对”颜色范围，以便相同的颜色代表所有热图的相同值？

谢谢。

【参考方案1】：

要在不同的热图中重复使用颜色范围，您应该明确指定颜色范围中的中断。您没有提供可重现的示例，因此这是一个通用示例：

library("gplots")
breaks = c(seq(-5, 0, length.out=128), 
           seq(0, 3, length.out=128))
heatmap.2(hm_data, dendrogram='row', Colv=FALSE,
              col=bluered(255), key=TRUE, labRow=row_names,
              breaks=breaks, symkey=FALSE, density.info="none", 
              trace="none", cexRow=0.5, cexCol=0.75) 

【讨论】：

效果很好，谢谢。我被赋予“中断”一个整数而不是一个向量，这显然使它使用了 min:max 范围，duh，:P。