2021-12-22看懂 散点图矩阵（pairs plots）

Posted 2023-04-16

参考技术A 一个 PairGrid 需要填充三个网格部分：上三角、下三角和对角线。

map_upper 是上三角，接受两个变量数组的函数。对角线上下的散点图则展示了变量两两之间的关系。

map_lower是下三角。对角线上下的散点图则展示了变量两两之间的关系。

map_diag 接受单个数组的函数。位于对角线位置的直方图让我们看到了每一个变量的分布。

下三角中使用二维核密度估计（即密度图）

散点图矩阵会构建两种基本图形：直方图和散点图。位于对角线位置的直方图让我们看到了每一个变量的分布，而对角线上下的散点图则展示了变量两两之间的关系。例如，第二行最左侧的散点图展示了 life_exp 和 year 之间的关系。

矩阵的对角线是每个特征的直方图，颜色使用训练集的label

如何组合散点图以形成具有公共 X 轴的散点图矩阵以用于不同的 Y 轴？

【中文标题】如何组合散点图以形成具有公共 X 轴的散点图矩阵以用于不同的 Y 轴？

【英文标题】：How do I combine scatterplots to form a scatterplot matrix with common X axis for varied Y axis?

【发布时间】：2021-01-09 05:12:57

【问题描述】：

我的情节是这样的

这是我尝试过的。我制作了单独的散点图并将它们与grid.arrange 组合在一起。

data(methylmercurydata) 
p1 <- ggplot(data=methylmercurydata,aes(x=MeHg, y=logTHg)) + geom_point()
p2 <- ggplot(data=methylmercurydata,aes(x=MeHg, y=OM)) + geom_point()
p3 <- ggplot(data=methylmercurydata,aes(x=MeHg, y=FeRB)) + geom_point()
grid.arrange(p1,p2,p3)

【问题讨论】：

那么您到底希望它是什么样子？如果您包含reproducible example，则更容易为您提供帮助。 methylmercurydata 来自哪个包？如果您使用ggplot2

，您可能想要重新塑造您的数据，然后进行分面

【参考方案1】：

最简单的方法可能是在创建更长的表后使用dplyr::facet_wrap()。

类似：

library(tidyverse)

methylmercurydata %>%
    pivot_longer(cols = c(logTHg, OM, FeRB), names_to = 'metric') %>%
    ggplot() +
    geom_point(aes(MeHG, value)) +
    facet_wrap(~metric)

编辑：r2evans 提出了一个很好的观点；如果您需要跨 y 的单独比例，您可以在 facet_wrap 调用中使用 scales = 'free_y'。同样，scales = 'free_x' 将提供不同的 x 轴，scales = 'free' 将为每个轴提供不同的比例。重新创建上述绘图时要考虑的另一件事是指定 ncol 参数，在本例中为 ncol = 1。

【讨论】：

由于 y 轴有点不同，最好使用facet_wrap(~ metric, scales = "free_y")。

@r2evans 好点。我编辑了我的回复以包含 scales 参数以及 ncol 参数。

【参考方案2】：

我不清楚你所说的“散点图矩阵”是什么意思，但如果你想制作一个相关矩阵，你可以使用 ggforce（例如每个https://ihaddadenfodil.com/post/it-s-a-bird-it-s-a-plane-it-s-a-ggforce-function/）：

library(tidyverse)
library(ggforce)
library(palmerpenguins)

ggplot(penguins, aes(col = sex)) +
  geom_autopoint(na.rm = TRUE) +
  facet_matrix(rows = vars(bill_length_mm:body_mass_g),
               switch = "x")