python文本处理--定位motif在fasta文件上的位置，并给出位置信息

Posted 2020-10-17 爬行的乌龟

#!/usr/bin/python3
#-*- coding:utf-8 -*-
#在序列文件上找出所有的指定motif的位置
dna=‘ATGCGAGAGAGAGAGAAGTGCTGTGTAGCTGATGCGCTAGTTTCGCGCTAGAGAGTGTAAAATTGGAGAGTGTAGTAGTGTA‘
motif=‘GTGTA‘
l=[]
import re
matches=re.finditer(‘(?=GTGTA)‘, dna)
for match in matches:
    loc=match.start()+1
    l.append((loc, loc+len(motif)-1))
print(l)    

输出结果：

[(23, 27), (55, 59), (70, 74), (78, 82)]