谁能帮我注释一小段perl程序，尤其是if语句判断的是啥啊，while (<IN>) 是自动读一个字符串吗，存在哪里

Posted 2023-05-02

my %tagId_seq;
my %tagId_count;
my $uniq_tag_num;
my $total_tag_count;
open IN, $seq_file || die $!;
while (<IN>)
if (/^>(\S+)/)
my $tagId=$1;
my $count=0;
if (/>\S+\s+(\d+)/)
$count=$1;

my $seq=<IN>; chomp $seq;

my $length=length $seq;
if ($length >=$MIN_LEN && $length <=$MAX_LEN)
$tagId_seq$tagId=$seq;
$tagId_count$tagId=$count;
++$uniq_tag_num;
$total_tag_count+=$count;



close IN;

1、open IN, $seq_file || die $!; 这句读文件的，IN是文件句柄的名字，$seq_file指明文件来源， 后面的 || die $!表示 如果前面的open失败 则用 die报告错误，并结束程序， $!在报错的时候内容为实际的出错原因。提示，最好使用3个参数的open函数，比如：
open ( IN, '<', $file_name) or die "Can't open $file_name : $!";
第二个参数 <表示读入， >表示写出， >> 表示追加。
2、while (<IN>) 这一句， 相当于2句， 首先是 $_ = <IN>；默认读入的内容存在系统默认变量 $_中， 然后while循环 测试 $_的值是否非空，如果读入成功则进入循环；
3、if (/^>(\S+)/) 这一句用于检查 $_ 的内容和正则表达式 /^>(\S+)/ 是否匹配， ^表示文件头， 用()括起来的内容可以在后面引用匹配的实际的值，如果不需要该值就不需要括号了。比如，文件读入内容为： >nm_415621 rna ; 那么后面紧接着的变量赋值 my $tagId=$1; 结果就是nm_415621 ， $1 引用了前面匹配的括号里的内容。
4、原来这样啊，那要是同时读2个变量
(/>(\S)+\s+(\d+)/)
my $tagId=$1;
my $count=$2;
是这样吗？要是没有if，怎么读<IN>里的变量啊，比如my $seq=<IN>; 怎么从 $seq抽取$tagId和$count？
答： 这个不用if来判断是不行的， 因为 $seq=<IN>;理论上是读入文件，但是失败了呢，比如读完了或者文件为空，则 $seq 是没有值的后面也酒不能用了，所以要先确保 $seq 有值，就是要加一句 if ($seq).. ， 还不如 if ($seq=<IN> ).. 方便；正则匹配的时候也是， 你不知道能不能匹配成功。代码如下：
/>(\S)+\s+(\d+)/;my $tagId=$1;my $count=$2;
有时候对有时候会出错！为什么？ 因为可能匹配失败啊，比如这一行内容是 ：acgtacgt，肯定没有匹配的内容，my $tagId=$1;my $count=$2;这里的$1和$2是没有值的，所以就会报错了，但是;
if(/>(\S)+\s+(\d+)/) my $tagId=$1;my $count=$2; 这个肯定对，成功匹配的时候 $1匹配前面的， $2匹配后面的数字，刚好是想要的内容。 参考技术A 你这应该是读取一个FASTA格式的序列文件，每个序列的名字以“>”开头，下面是序列，但是如果序列是多行的，那么这个程序就有问题了。。。 参考技术B 整个程序的大致意思是打开$seq_file这个路径的文件，
然后逐行读取while(<IN>)当然是放到$_里面
如果找到满足条件的行，例如
>tagfirst 100
kkkkkkkk
判断读到的行是上面的格式>非空格n个为tag 空格n个 数字n个为个数
读取下一行seq，下一行长度满足要求，以tag为键存储seq和个数。。。。 参考技术C --正则
if (/^>(\S+)/) #如果一行的行首是这种形式：>非空格

if (/>\S+\s+(\d+)/) # >非空格 123（数字）追问

为什么if (/^>(\S+)/)，(\S+)用了括号
if (/>\S+\s+(\d+)/)，\S+没用括号，最后(\d+)有括号，有什么区别吗
还有open IN, $seq_file || die $!;
IN只是一个名字吗，还是只要是读文件就要open IN
要是同时读两个文件，IN岂不是就冲突了

追答

--后面 $1 是(...)里的值
要是同时读两个文件：open IN1; open IN2

追问

原来这样啊，那要是同时读2个变量
(/>(\S)+\s+(\d+)/)
my $tagId=$1;
my $count=$2;
是这样吗？要是没有if，怎么读里的变量啊，比如my $seq=; 怎么从 $seq抽取$tagId和$count

谁能帮我把这个程序改为verilog语言必有重谢

library ieee;
use ieee.std_logic_1164.all;
use ieee.std_logic_unsigned.all;
entity epm240 is
port(clk :in std_logic; --系统时钟
oe :out std_logic; --TLC5510的输出使能/OE
clk1:out std_logic; --TLC5510的转换时钟
din:in std_logic_vector(7 downto 0); --来自TLC5510的采样数据
dout:out std_logic_vector(7 downto 0);
KEY:in std_logic;
clkout:out std_logic);--FPGA数据输出
end epm240;
architecture behav of epm240 is
signal q:std_logic; --全局变量
begin
led:block
SIGNAL KIN,CLKTMP,T:STD_LOGIC:='1';
begin
process(clk)
VARIABLE m:std_logic_vector(26 downto 0);
begin
if clk'event and clk='1' then
m:=m+1;
end if;
IF T='1' THEN
clkout<=m(26);
--clkout1<=m(24);
ELSE
clkout<=m(24);
--clkout1<=m(26);
END IF;
CLKTMP<=M(19);
end process;
KEYBOARD_DIFF : block
signal D0,D1 : STD_LOGIC:='1';
begin
process (CLKTMP)
begin
if CLKTMP'event and CLKTMP='1' then --CLK rising
D1<=D0; D0<=not KEY; --delay
end if;
end process;
KIN <= D0 and not D1; --differential
end block KEYBOARD_DIFF;
process(KIN)
begin
if KIN'event and KIN='0' then
T<=NOT T;
end if;
end process;
end block led;
process(clk) --此进程中，把CLK 进行4分频，得到TLC5510的转换时钟
begin
if clk'event and clk='1' then
q<=not q;
end if;
clk1<=q; --对系统CLK进行4分频
end process;
oe<='0';
dout<=din; --采样数据输出
end behav;

module epm240(input clk, output oe, output clk1, input [7:0] din, output [7:0] dout, input KEY, output clkout);
reg [26:0] m;
always @(posedge clk) m<=m+27\'b1;
assign clkout = T ? m[26] : m[24];
// assign clkout1 = T ? m[24] : m[26];
assign clktmp = m[19];
reg D0, D1;
always @(posedge CLKTMP) begin
D1 <= D0;
D0 <= ~KEY;
end
assign kin = D0 &~ D1;
reg T, q;
always @(negedge kin) T <= ~T;
always @(posedge clk) q <= ~q;
assign clk1 = q;
assign oe = 0;
assign dout = din;
endmodule
建议你不要大小写混用，代码里面全部用小写，只有宏或者parameter采用大写。 参考技术A 看看书吧，这么长的代码，懒得写了。追问

看样你会吧
依然谢谢

参考技术B 什么重谢啊？