R语言：unifrac的计算

Posted 2023-04-17

参考技术A

Unifrac是一个十分常用的衡量不同群落之间谱系结构差异的指标。在R语言中，计算unifrac的函数不只一种，不同函数之间有什么差别呢？本文目的就是对几个常用的计算unifrac的函数的使用方法做个记录。
比较对象

首先，每个包的安装方法：

其次，每个函数的使用方法：
为了更容易区分函数是来自哪个包，每个函数前面都添加了包的名字。

最后，每个函数的运行效率：

虽然phyloseq的安装稍微有些麻烦，并且在计算unfirac之前还需要先转换一下数据类型，但其计算unfirac的效率最高。
对于每个函数的计算时间是否是随OTU数目和样品数目线性增加，还需要进一步探究。

需要注意的是：
picante和PhyloMeasures只能计算unweighted unfirac。
GUniFrac不仅同时计算weighted和unweighted unfirac，同时还能通过参数调节丰度加权的程度。
phyloseq通过控制参数weighted=T或F，可以计算weighted和unweighted unifrac。

怎么用r语言计算关键词数量

安装和启动比spss快很多。

上课时，老师：“先不下R studio了，这个初学够用。”

哈哈哈哈哈好的。

程序可以不难学，反正我不太喜欢上来就搞最难的，零基础小白菜得安详。

哎呀，这个课老师真的超可爱，先介绍了“R当计算器比电脑自带的好用多了！”，安利了一波计算器使用方法，像极了分享自己宝贝玩具的大男孩。

R当做计算器也的确简单。把脑子里想的数学公式打进去按回车就行了。

数学函数表示方式可能得查一下。百度必应谷歌，一搜解千愁。

常见：pi --π ；sqrt(2)=根号2；log()=ln()；exp()=e^x.

说起来这些对我来说也不常用，用不到的知识又增加了

好了，

1、基础概念之向量，Vectors：【向量是一串有序数据，向量内】

R里vectors分三种，数值、逻辑值、字符串，英文分别是

Numeric vectors

Logical vectors

Character vectors。

mode(x)语句可查看哪一类。

R里的向量表示方式：
输入数值可直接 c(1,2),字符串需要加单/双引号：c('hi',"morning")

逻辑值按回车后可判断正误，true false，或者NA(not available)。

2、变量、变量名、赋值

变量，咋说呢，定义是“A variable is used to store information”，反正就指代某一大串信息。

接下来，给变量起名字，并赋值。起名字有讲究的。

对了，打字之前，先知道一句R对大小写敏感(大小写敏感是说，大写小写在R看来是不同的东西，Yes 不等于 yes )，请把这句话记好。

起名字的规矩其实就三条：

1、可以有√：A-Z, a-z, 0-9, 英文句号 (.) 下划线 (_)

2、不能有×：空格，reserved keywords

3、开头只能是字母或点

(保留字是啥之后再说叭，今天用不到)

好了，现在已经会起名字了。再也不怕变量太多分不清了

那开始把名字和数据配配对。

赋值符号 ："

x=2， x

在R看来一个意思。

那怎么告诉它我想要的是“x小于负二”？

加空格。x< -2

是不是很妙 参考技术A 怎么用r语言计算关键词数量：R语言统计字符串的字符数ncahr函数 函数计算字符数量,包括在一个字符串的空格的个数。