MIMIC-III 数据集处理 | OverflowError: Overflow in int64 addition 解决方法

Posted 2022-07-05 叶庭云

MIMIC-III 数据集处理，遇到问题如下：

由入院时间减去出生时间计算入院时年龄，遇到报错：OverflowError: Overflow in int64 addition。查看了一下本地的 pandas 版本为 1.3.5 ，如下所示：

Github Issues 有好心人回答了一些解决方法，主要包括降低 pandas 版本为 0.23.4 或 0.20.3（但 pandas 是很多库的依赖，这可能导致与其他依赖库发生冲突，一般不要轻易改变它的版本）。所以最好是改写一下代码：

df1_2['ADMITTIME'] = pd.to_datetime(df1_2['ADMITTIME']).dt.date
df1_2['DOB'] = pd.to_datetime(df1_2['DOB']).dt.date
df1_2["AGE"] = df1_2.apply(lambda e: (e['ADMITTIME'] - e['DOB']).days / 365, axis=1)

结果如下：

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Reference：

• Github Issues：https://github.com/YerevaNN/mimic3-benchmarks/issues/84