MONAI版本更新到 0.9 啦，看看有什么新功能

Posted 2022-06-23 Tina姐

MONAI 更新到0.9版本了，你用的是多少呢？我们来看看这次有什么重要更新。

• MONAI Bundle：MONAI 捆绑包
• Object detection in medical images：医学图像中的对象检测
• Swin Transformers for 3D medical image analysis：用于 3D 医学图像分析的 Swin Transformers
• New interactive segmentation components：新的交互式细分组件
• MetaTensor API preview：MetaTensor API 预览

MONAI Bundle

MONAI Bundle 格式定义了可移植描述的深度学习模型（文档）。捆绑包包括模型开发生命周期中必需的关键信息，并允许用户和程序了解模型的目的和用途。 Bundle 和 monai.bundle API 的主要优点是：

• Standardized packaging format for storing and sharing models,
  用于存储和共享模型的标准化包装格式
• Structured configuration files for fast prototyping of deep learning workflows,
  用于深度学习工作流程快速原型设计的结构化配置文件，
• Easy to program APIs to separate deep learning hyperparameter settings from the Python code,
  易于编程 API 以将深度学习超参数设置与 Python 代码分开，
• Flexible config components to allow for different low-level Python implementations,
  灵活的配置组件以允许不同的低级 Python 实现，
• Help to decouple the component details from higher level learning paradigms such as federated learning and AutoML.
  帮助将组件细节与更高级别的学习范式（例如联邦学习和 AutoML）解耦、

本部分适合对代码编写有高要求的技术大佬，我这种小白看的不是很明白。更多详细教程MONAI bundle

Object detection in medical images

此版本包括对象本地化和分类工作流的基本组件。最初的开发包括 2D 和 3D 边界框处理、RetinaNet 的网络块和架构，以及基于坐标的预处理、硬负采样器等常用实用模块。

做对象检查的可以关注这部分更新。

Swin Transformers for 3D medical image analysis

新增了 Swin UNETR 模型在 MONAI 中实现。本教程展示了使用这种最先进模型的多器官分割示例，其中权重来自对来自公开数据集的 5050 次 CT 扫描的 Swin UNETR 编码器（3D Swin Transformer）的自我监督预训练。

实现细节在MOANI swin UNETR

最近在关注 transformer 分割的童鞋可以尝试跑一下代码。

New interactive segmentation components

DeepEdit 和 NuClick 等深度学习交互式分割工作流程中的新组件已集成到核心代码库中。它们是 MONAILabel 中最新功能的基本构建块。

有用 MONAI label 标注数据的了解一下，我一直没看懂怎么使用😂

MetaTensor API preview

与主要成像模式相关的元数据在许多生物医学应用中很重要，特别是对于 MONAI 一直关注的数据驱动方法。从这个版本开始，我们对 MONAI 中的数据表示进行了重大重构。第一步，核心数据结构 MetaTensor 和 MetaObj 被实现为功能预览。功能分支的进一步开发将在未来的里程碑版本中提供。

对这次更新感兴趣的，建议升级玩一玩，PS：如果有用之前的版本发表论文，还在返修的，建议新建一个conda 环境，避免环境变换复现不了实验。

文章持续更新，可以关注微信公众号【医学图像人工智能实战营】获取最新动态，一个关注于医学图像处理领域前沿科技的公众号。坚持已实践为主，手把手带你做项目，打比赛，写论文。凡原创文章皆提供理论讲解，实验代码，实验数据。只有实践才能成长的更快，关注我们，一起学习进步~

我是Tina, 我们下篇博客见~

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