怎样通过NCBI定位一个基因的ID

Posted 2023-05-06

NCBI是生物学科经常使用的搜索引擎，其收纳了大量的基因和蛋白序列，可以对这些序列进行比对、设计引物等，功能非常强大，下面是小编经常使用的一个功能，即基因序列信息的查找和下载。

打开NCBI
百度搜索键入“NCBI”，点击“搜索”，第一个就是官方主页，点击打开。

关键字查找
以H9亚型流感病毒HA基因下载为例，说明详细过程。

既然要下载基因序列，需要在栏目内找到“Nucleotide”（核苷酸），搜索栏内填入“Avian influenza virus H9 HA”，点击“search”。

添加限定词

点击搜索后，我们看到页面中间显示了很多关于“Avian influenza virus H9 HA”的基因序列，如果其中的一个符合你的要求，就可以下载。如何不符合你的要求，可以继续在搜索条内添加限定，比如添加“2010”，即2010年分离到的病毒。

序列选定
找到目标基因序列后，我们要将其下载下来。以给出第一个序列为例，点击序列前面的“小方格”，将其选定。

下载序列
选定后，点击页面右上角的“Send to”，选择“file”，再将format选择为“FASTA”格式，点击“Create file”，将序列下载到自定的文件夹内。

用DNAStar打开
下载的序列为FASTA格式，需要使用相关的软件打开，小编经常使用的是DNAStar中的Editseq，这个功能还是很强大的。 参考技术A 在NCBI的genebank里搜基因名字，找到你想要找的相应物种的该基因，给出的搜索结果里会显示ID号的。

NCBI获取基因序列以及不同转录本序列

参考技术A 前言： 最近实验室要用northern-blot实验去检测miRNA的表达，对于多年没有设计过探针的我感到一丝恐慌，因为让人尴尬的是我把如何找一个基因表达的转录本也就是mRNA序列找出来这件事给彻底忘记了。不过还好，经过周围人的提醒和自己的摸索，已经可以在NCBI上自如的获取基因给mRNA序列了

关键词： NCBI 基因  转录本  mRNA序列  探针（建议在查找实验之前先把概念理清楚）

1 首先是打开NCBI官网，左上角选择框选择Gene，输入基因名字，比如GAPDH，点击Search；

值得注意的是，这里给出的序列中虽然是atcg四种碱基，但它指示的不是DNA序列，而是mRNA序列，如果要设计与RNA能够杂交的探针，直接截取一段（5‘-3’）放在peimer5引物设计软件中获取它的反向互补序列就行了。这个反向互补序列就是probe序列，可以直接在5‘端或者3’端加修饰发送给生物公司合成了。