[R]Linux非root下安装PMCMRplus包（待解决）

Posted 2020-11-16 Bioinfarmer

PMCMR和PMCMRplus是用来做秩和检验的R包，在Linux上安装时，后面那个PMCMRplus包出现了问题。

ERROR: dependency ‘Rmpfr’ is not available for package ‘PMCMRplus’

安装Rmpfr依赖时，出现了如下问题：

configure: error: MPFR Library must be at least version 3.0.0, see README
ERROR: configuration failed for package ‘Rmpfr’

是系统MPFR 版本太低了。MPFR是什么我也不知道，大概是和大数值相关的运算有关，而且和GMP一起常作为GCC安装的依赖。所以重装MPFR，下载地址https://www.mpfr.org/mpfr-current/。如果是root用户，这个问题一下解决了。

sudo apt-get install libmpfr-dev #Ubuntu系列
sudo dnf install mpfr-devel #Centos系列

再重新安装下R包就行了。但是非root安装依赖库很麻烦，只能源码编译安装。

wget https://www.mpfr.org/mpfr-current/mpfr-4.0.2.tar.bz2
tar -jxvf mpfr-4.0.2.tar.bz2
mkdir mpfr4 && cd mpfr-4.0.2
./configure --prefix="/path/software/mpfr4"

没那么容易，报错了：

checking whether gcc __attribute__ ((mode (XX))) works... yes
checking for recent GMP... no
configure: error: GMP 5.0.0 or newer is required

要升级GMP版本，GMP(The GNU Multiple Precision Arithmetic Library)又叫GNU多精度算术库，是一个提供了很多操作高精度的大整数，浮点数的运算的算术库，几乎没有什么精度方面的限制，功能丰富。
于是下载GMP，安装。下载地址：https://gmplib.org/#DOWNLOAD
好像除了6，没有其他版本。

wget https://gmplib.org/download/gmp/gmp-6.1.2.tar.bz2
tar -jxvf gmp-6.1.2.tar.bz2
mkdir gmp6 && cd gmp-6.1.2
./configure --prefix="/path/software/gmp6"
make
make check
make install

GMP6安装成功后，再次安装mpfr，配置时需要指定gmp6路径：

./configure --prefix="/path/software/mpfr4" --with-gmp=/path/software/gmp6
make
make install

再重新安装Rmpfr包，但还是报同样的错。于是将两个库加入环境中：

export LD_LIBRARY_PATH=/path/software/gmp6/lib:/path/software/mpfr4/lib:$LD_LIBRARY_PATH

问题还是存在，莫非要安装新的gcc吗？暂时搁下了，后续再说吧，linux真的好烦，哎~~~

configure: error: MPFR Library must be at least version 3.0.0, see README
ERROR: configuration failed for package ‘Rmpfr’
* removing ‘/ldfssz1/SP_MSI/USER/pengjianxiang/software/R_packages/Rmpfr’

下次装个新的GCC试试吧。先贴个连接：linux下GCC安装

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更新

实际上我重新装了一个GCC，将其所有依赖（包括GMP和MPFR）一并安装后也没有安装上Rmpfr包。而Rmpfr的依赖包gmp是可以装上的。

最奇怪的是，我即使是指定MPFR库和GMP库来安装这个R包（包括GCC自动安装的依赖和我之前手动安装的这两个库）也链接不上。

我是怎么指定依赖库的呢？经同事指点，找到了configure.args参数。指定库的头文件和库文件。

#安装gcc时自动安装的依赖库
install.packages("Rmpfr",configure.args = c(Rmpfr = "--with-mpfr-include=/path/to/mpfr-3.1.4/include --with-mpfr-lib=/path/to//mpfr-3.1.4/lib"))

#手动安装的依赖库
install.packages("Rmpfr",configure.args = c(Rmpfr = "--with-mpfr-include=/path/to//mpfr4/include --with-mpfr-lib=/path/to//mpfr4/lib"))

结果还是链接到了原来旧版本的MPFR上。但这个人说他可以https://stackoverflow.com/questions/37287226/pass-configure-arguments-to-install-packages-in-r
，但我的就是连接不上。

同样，下载源码，在终端命令行下安装也报相同的错误。

R CMD INSTALL  --configure-args="--with-mpfr-include=/ldfssz1/SP_MSI/USER/pengjianxiang/software/mpfr-3.1.4/include --with-mpfr-lib=/ldfssz1/SP_MSI/USER/pengjianxiang/software/mpfr-3.1.4/lib" Rmpfr_0.7-2.tar.gz

最后我试着解压Rmpfr源码，直接编译。configure中有--with-mpfr-include和--with-mpfr-lib参数，我指定库路径进行编译准备，可以通过。

但生成的不是Makefile文件，而是src目录下的Makevars等文件。我也不知道能不能这么弄，反正不能make，最后也不能编译。

还有个方法试下，就是用conda了。

Ref:https://blog.csdn.net/u013310119/article/details/81081125
https://www.jianshu.com/p/bc909ce2e424
install-gcc-5.4-without-root