[Linux] 非root安装Lefse软件及其数据分析

Posted 2020-11-15 Bioinfarmer

说明

Lefse软件是宏组学物种研究常用软件，一般大家用在线版本即可。但要搭建在Linux集群环境中有点烦，记录一下折腾过程。

安装

这个软件是python2写的，因此假设我已经安装好了较高版本的python2以及pip等工具，在此基础上来安装lefse。
lefse下载地址：https://bitbucket.org/nsegata/lefse/src/default/。这个网站有丰富的学习内容和教程，包括MetaPhIAn等流程，有时间去好好看看。

lefse放在了bitbucket上，克隆一下到集群：

hg clone https://bitbucket.org/nsegata/lefse

完成后有如下文件：

目录下有个requirement.txt文件，里面列出了R和Python需要安装的包和模块：

- R
- R libraries: splines, stats4, survival, mvtnorm, modeltools, coin, MASS
- python libraries: rpy2 (v. 2.1 or higher), numpy, matplotlib (v. 1.0 or higher), argparse

安装R包的过程基本上没啥问题，大部分还是我已经安装过的。python的大部分模块也没问题，难就难在了rpy2。

首先，我直接用自己安装的python2使用pip安装：

pip intall rpy2

直接报语法错误，如下：

在网上找了一圈也没有碰到同类型的问题，在这里卡了很久，分析脚本貌似也没问题，而且如果这个都语法错误，作者去吃屎吧。后来我才知道这尼玛pip自动安装第三版了，而第三版只支持python3，不再支持python2。

那就直接下载模块安装吧。自然地下了个较新的版本，解压后安装：

python setup.py install

直接报错，说是版本太高了，rpy的第三版已经不支持python2啦，blabla。。。我看它这里rpy2版本也有较高要求，于是下载了个2.9版本的(各旧版本
)，结果还是太高，你特么不是python2写的吗！不支持python2。试了几次，干脆了个2016年发行的，这次终于可以了。

但是肯定没有这么简单，安装过程又报错了：

下载不了这个玩意：Download error on https://pypi.python.org/simple/singledispatch/。网上有些答案乱七八糟，后来找到了一个能解决问题的，直接下载singledispatch
安装即可。
下载解压进入目录。
python setup.py install
成功安装singledispatch后，再次安装rpy2，这次没报错了。进入lefse目录试运行一下：

应该是可以了。
再进去example中运行下测试shell，但是这个demo是针对bioconda使用的，如果没用conda，测试不了。对于这个软件我真是服气的。

总之，lefse软件算是安装成功了吧，至于测试，后续我再试试。

第二次更新：

接着来测试上次安装好的Lefse软件，这个软件有现成的python脚本进行数据处理和绘图，怎么用的话，在下载后example中和官方文档中都有说明，这里不作说明了。简言之，就是先处理，整理好数据格式，进行绘图。

试着用自己的数据处理了下。

python format_input.py test.txt result.in -c 1 -s 2 -u 3 -o 1000000
python run_lefse.py result.in result.res
python plot_res.py result.res result.png
.......

文件结果没有问题，绘图及其后续步骤报错了：

我怀疑是自己处理的数据格式有问题，于是下载了官网的测试数据：

wget http://huttenhower.sph.harvard.edu/webfm_send/129 -O hmp_aerobiosis_small.txt

还是同样的问题，数据处理正常，绘图错误。网上查了下，没有直接相关的问题，但大致猜到是matplotlib的问题。

我的系统除了我装的python外，还有其他好几个python版本的库，我当时只将其他版本的python都注释了，然后将自己安装的python及其库路径加入了环境变量，但没有注释掉其他python版本的库。所以，我自己的python其实是没有安装matplotlib的，用的是其他版本的。

将其他版本python的库注释后，用自己的python重新安装matplotlib（一定要注释掉其他的库，否则会提示已安装，是装不上matplotlib的）。

这时，再运行lefse时，没报错，所有结果都出来了！

看来当系统有多个版本时，用conda确实是有优势的，避免版本冲突。

Ref:https://blog.csdn.net/chenKFKevin/article/details/77854232
http://blog.sciencenet.cn/blog-306699-997026.html
https://www.jianshu.com/p/b4dbd47aaeb6