(转载)Ubuntu 安装GNU Scientific library(GSL)

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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了(转载)Ubuntu 安装GNU Scientific library(GSL)相关的知识,希望对你有一定的参考价值。

 

背景:

Blei的hlda的C语言实现需要使用C语言的科学计算包GSL,因此决定安装。由于在windows下安装极其繁琐,先在Linux上安装之。

系统环境:

 

Linux version 2.6.35-22-generic (buildd@allspice) 
(gcc version 4.4.5 (Ubuntu/Linaro 4.4.4-14ubuntu4) ) 
#33-Ubuntu SMP Sun Sep 19 20:32:27 UTC 2010

 

 

gsl安装过程

 

1, 下载 gsl-2.0.tar.gz
2, 安装
tar -zxvf gsl-2.0.tar.gz 
cd gsl-2.0
sudo ./configure
sudo make
sudo make install
执行最后一个命令之后会有很多现实,其中有:
Libraries have been installed in:
   /usr/local/lib

If you ever happen to want to link against installed libraries
in a given directory, LIBDIR, you must either use libtool, and
specify the full pathname of the library, or use the `-LLIBDIR\'
flag during linking and do at least one of the following:
   - add LIBDIR to the `LD_LIBRARY_PATH\' environment variable
     during execution
   - add LIBDIR to the `LD_RUN_PATH\' environment variable
     during linking
   - use the `-Wl,--rpath -Wl,LIBDIR\' linker flag
   - have your system administrator add LIBDIR to `/etc/ld.so.conf\'

See any operating system documentation about shared libraries for
more information, such as the ld(1) and ld.so(8) manual pages.
 
一个是libgslcblas.so,libgsl.so的位置很重要,编译后的文件被扔到了这里,比如 /usr/local/lib;另一个重要的位置是
gsl_rng.h 这样的头文件所在的文件夹目录,比如/usr/local/include/gsl。如果想要查找他们,可以使用find / -name gsl_rng.h这样的命令。
3,使用gsl
用gsl写一个例子文件gsl_test.c,这个文件来源于http://www.mas.ncl.ac.uk/~ndjw1/teaching/sim/gsl.html

 

 

[cpp] view plain copy
  1. #include <stdio.h>  
  2. #include <gsl_rng.h>  
  3. #include <gsl_randist.h>  
  4.   
  5.   
  6. int main (int argc, char *argv[])  
  7. {  
  8.   /* set up GSL RNG */  
  9.   gsl_rng *r = gsl_rng_alloc(gsl_rng_mt19937);  
  10.   /* end of GSL setup */  
  11.   
  12.   
  13.   int i,n;  
  14.   double gauss,gamma;  
  15.   
  16.   
  17.   n=atoi(argv[1]);  
  18.   for (i=0;i<n;i++)  
  19.     {  
  20.       gauss=gsl_ran_gaussian(r,2.0);  
  21.       gamma=gsl_ran_gamma(r,2.0,3.0);  
  22.       printf("%2.4f %2.4f\\n", gauss,gamma);  
  23.     }  
  24.   return(0);  
  25. }  
(1)第一反应是直接 gcc gsl_test.c

显示错误是:gsl_test.c:2: fatal error: gsl_rng.h: 没有那个文件或目录

(2)这个错误是说没有找到头文件,然后加上头文件的位置,gcc -I/usr/local/include/gsl gsl_test.c

显示错误是:gsl_test.c:(.text+0x12): undefined reference to `gsl_rng_mt19937\' ...

(3)这个错误是说没有找到gsl_rng_mt19937的定义,查看了http://www.daniweb.com/software-development/cpp/threads/289812/cant-link-gsl-properly,这里说需要加上-lgsl,即链接到gsl,找到 libgsl.so.

使用命令:gcc -I/usr/local/include/gsl -lgsl gsl_test.c

(4)显示错误是://usr/local/lib/libgsl.so: undefined reference to `cblas_ctrmv\'

查看了http://sourceware.org/ml/gsl-discuss/2003-q2/msg00123.html,是说错误是由于没有链接libgslcblas.so引起的,再加上-lgslcblas可以解决问题。

使用命令:gcc -I/usr/local/include/gsl -lgsl -lgslcblas gsl_test.c。

或者命令:gcc -I/usr/local/include/gsl -L/usr/local/lib -lgsl -lgslcblas gsl_test.c

(5)实测需要以下命令: gcc -I/usr/local/include/gsl gsl_test.c -lgsl -lgslcblas

这个时候出现了产出物a.out。

(5)运行a.out 

./a.out 出现错误“段错误”

(6)查看源文件,发现还需要输入参数

./a.out 10

结果是:
0.2678 6.9645
3.3488 1.6894
1.9950 2.1575
-4.7934 6.1648
-0.0782 4.0292
1.7871 11.6031
-2.5931 7.7629
0.3634 1.3344
-1.0965 11.1658
0.0142 3.5412

彻底搞定,done#

转自:http://blog.csdn.net/Waleking/article/details/8265008

 

由于论文数据处理的需要,需要使用libeemd这个包,需要安装gsl科学库,windows下没有办法,只能转战ubuntu进行科学计算。

GSL(GNU Scientific Library)作为三大科学计算库之一,除了涵盖基本的线性代数,微分方程,积分,随机数,组合数,方程求根,多项式求根,排序等,还有模拟退火,快速傅里叶变换,小波,插值,基本样条,最小二乘拟合,特殊函数等

当然最希望通过命令来安装GSL科学库。

方法一:

GSL源码包提供了以下二进制包:

  • gsl-bin:GNU Scientific Library (GSL) -- binary package
  • libgsl0-dbg: GNU Scientific Library (GSL) -- debug symbols package
  • libgsl0-dev: GNU Scientific Library (GSL) -- development package
  • libgsl0ldbl: GNU Scientific Library (GSL) -- library package

终端键入以下命令即可安装:

sudo apt-get install libgsl0ldbl

说明:根据不同的需要选择安装不同的版本,使用 gsl-bin 将会安装所有的内容(gsl - bin 依赖 libgsl0ldbl

方法二:

ubuntu自己编译源码(使用gsl1.6,windows上太麻烦折腾),解压后进入目录,执行:

./configure
make
make install

这个过程需要几分钟。这里还有一点需要注意的是,执行 make install 时,会自动将动态库和头文件分别拷贝到/usr/local/lib和 /usr/local/include 下面,但如果这两个目录没有写权限,就无法创建此二目录,导致安装失败,此时改用 sudo make install或者手动去赋予权限,便能解决此问题。

说明:折腾一圈还是使用前者成功的。

sudo apt-get install libgsl0-dev

参考

 
 

  

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