在centos7中手动编译greenplum

Posted 2020-10-18 yxly2008

一、编译环境

• Linux version 3.10.0-327.el7.x86_64 ([e-mail]) (gcc version 4.8.3 20140911 (Red Hat 4.8.3-9) (GCC) ) 
• gpdb-5.16.0

二、编译过程

2.1、下载greenplum源码

可从该位置下载需要的版本：https://github.com/greenplum-db/gpdb/releases/(此处使用gpdb-5.16.0)

2.2、解压

下载后再centos中解压到指定目录，如/home/gpdb_src

2.3、安装必备的工具

• psutil
• lockfile (>= 0.9.1)
• paramiko
• setuptools
• conan

注意，以上工具使用pip（>=7.x.x）安装，如果没有pip，可以参考https://pip.pypa.io/en/stable/installing/步骤进行安装。

如果pip版本太低，可使用如下命令升级：

pip install --upgrade pip

2.4、配置ld.so.conf

由于我们使用的是CentOS系统, 所以一定要加上/usr/local/lib和/usr/local/lib64的路径到/etc/ld.so.conf文件中，这一步尤为重要，目的是将常用的动态函数库加载到内存中，可以提高函数库的访问效率。另外，如果不配置这一步，在后面编译的过程中会遇到一些奇奇怪怪的缺少引用的错误

修改后的文件内容类似如下：

修改完成后保存，之后运行ldconfig命令

2.5、创建gpadmin用户和配置ssh

这一步可以使用源码中自带的脚本完成，脚本位置如下：/home/gpdb_src/gpdb-5.16.0/concourse/scripts/setup_gpadmin_user.bash，执行如下命令：

cd /home
bash ./gpdb_src/concourse/scripts/setup_gpadmin_user.bash

这里说明下，这一步如果使用脚本操作，一定要把源码文件放到gpdb_src中，执行脚本时需要进入到与gpdb_src同级的目录执行，如果要手动配置也是可以的。具体的操作也不复杂，有兴趣的朋友可以读下setup_gpadmin_user.bash脚本。

执行完成后，进行如下两步操作验证：

如果切换账户正常并且ssh正常，不需要输入密码，这说明这一步成功

2.6、修改内核参数

sudo bash -c \'cat >> /etc/sysctl.conf <<-EOF
kernel.shmmax = 500000000
kernel.shmmni = 4096
kernel.shmall = 4000000000
kernel.sem = 500 1024000 200 4096
kernel.sysrq = 1
kernel.core_uses_pid = 1
kernel.msgmnb = 65536
kernel.msgmax = 65536
kernel.msgmni = 2048
net.ipv4.tcp_syncookies = 1
net.ipv4.ip_forward = 0
net.ipv4.conf.default.accept_source_route = 0
net.ipv4.tcp_tw_recycle = 1
net.ipv4.tcp_max_syn_backlog = 4096
net.ipv4.conf.all.arp_filter = 1
net.ipv4.ip_local_port_range = 1025 65535
net.core.netdev_max_backlog = 10000
net.core.rmem_max = 2097152
net.core.wmem_max = 2097152
vm.overcommit_memory = 2

EOF\'

sudo bash -c \'cat >> /etc/security/limits.conf <<-EOF
* soft nofile 65536
* hard nofile 65536
* soft nproc 131072
* hard nproc 131072

EOF\'

sudo bash -c \'cat >> /etc/ld.so.conf <<-EOF
/usr/local/lib

EOF\'

这一步使用root账户操作，并且很重要，否则在后期使用greenplum的时候会遇到问题，详细的问题后面会解析。

2.7、编译GPORCA（可选）

这里提一下，如果不需要优化器这一步也可以跳过。毕竟greenplum在不安装orca的情况下使用的是legacy优化器。

GPORCA是postgresql新一代的优化器，在性能上有很大提升，至于为什么要有两个优化器，其实是有历史原因的，早期legacy是针对单节点PostgreSQL而构建的，主要应用于OLTP场景，现在的greenplum使用MPP，主要应用场景变为OLAP场景，legacy对此虽然进行了修改，但是从架构设计上，使得其维护和添加新的功能越来越困难，所以有了GPORCA优化器。

首先，编译gporca前需要安装如下必备工具:

• CMake(>=3.1)
• xerces-c(>=3.1.x)
• re2c(>= 0.11.3)

2.7.1、自动编译

cd /home/gpdb_src/gpdb-5.16.0/depends
./configure
make
make install_local

 

2.7.2 手工编译

特别注意，安装前一定要确认优化器当前的版本是否和greenplum版本相匹配，如果不匹配将无法编译greenplum，详情参见问题6

1） 下载安装cmake

进入https://cmake.org/download/页面下载自己需要的版本

2） 下载安装gp-xerces

可以使用git下载：https://github.com/greenplum-db/gp-xerces.git

3）  下载安装re2c

进入http://re2c.org/install/install.html页面下载自己需要的版本

安装re3c是由于配置ninja时需要

4） 下载安装Ninja

可以使用git下载：https://github.com/ninja-build/ninja.git

下载后进入ninja目录执行如下命令:

./configure.py --bootstrap

5） 下载安装gporca

可以使用git下载：https://github.com/greenplum-db/gporca.git

解压后进入目录执行如下命令安装：

cmake -GNinja -H. -Bbuild
ninja install -C build

待安装完成后，进入/gporca/build目录，执行ctest命令进行检查

如果最后输出类似如下结果：

100% tests passed, 0 tests failed out of 119

Total Test time (real) = 195.48 sec

这说明编译成功了。

 2.8 编译greenplum

执行如下命令：

cd /home/gpdb_src/gpdb-5.16.0/gpdb-5.16.0
./configure --with-perl --with-python --with-libxml --with-gssapi --prefix=/usr/local/gpdb
make -j8      #代替make命令，并行的编译，提高编译速度

注意：这里如果跳过了第七步（不使用GPORCA优化器），则configure时需要使用如下命令：

./configure --with-perl --with-python --with-libxml --with-gssapi --disable-orca --prefix=/usr/local/gpdb

configure有很多的组件可以加上，如果需要添加自定义可以使用./configure --help查看，加上自己需要的组件即可

 通过以上步骤，就完成了编译。虽然本人已经力求写的详细，但是还是略过了一些自认为大家一看到就能知道原因，同时环境的差异也会导致一些本人没有遇到过的错误，所以有理由相信大家编译的时候还是会遇到一些问题，如果遇到了本文没有涉及到的错误可以告诉我，大家一起讨论。

安装greenplum

cd /home/gpdb_src/gpdb-5.16.0
make -j8 install  #安装

创建测试集群

如下命令需要使用之前创建的数据库管理员账户运行，否则会报如下错误：

 

su - gpadmin
source /usr/local/gpdb/greenplum_path.sh #将greenplum的运行信息加入到shell环境中
cd /home/gpdb_src/gpdb-5.16.0/gpAux/gpdemo
source gpdemo-env.sh
make create-demo-cluster

 

可以使用如下命令处理：

yum remove python-gssapi.x86_64

 

三、错误处理

1）

安装必备工具或者升级pip时可能报类似如下错误：

Could not fetch URL https://pypi.python.org/simple/conan/: There was a problem confirming the ssl certificate: [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed (_ssl.c:765) - skipping

可以执行如下命令：

pip install --trusted-host pypi.org --trusted-host files.pythonhosted.org XXXX
pip install --trusted-host pypi.org --trusted-host files.pythonhosted.org --upgrade pip

XXXX为你要安装的工具

如果以上都不解决问题，可是使用-i 参数指定国内的镜像来进行安装

如：

pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple psutil

出现如下错误则要修正系统时间：

当你没有pip，在2.3步安装pip本身都报类似如下错误：

Could not fetch URL https://pypi.python.org/simple/pip/: There was a problem confirming the ssl certificate: [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed (_ssl.c:765) - skipping
  Could not find a version that satisfies the requirement pip (from versions: )
No matching distribution found for pip

可以使用如下命令安装：

sudo yum -y install epel-release
sudo yum -y install python-pip

yum也不好使的情况下，可以尝试如下命令：

python get-pip.py --trusted-host pypi.org --trusted-host

 

2）

checking for xsltCleanupGlobals in -lxslt... no
configure: error: library \'xslt\' is required for XSLT support

执行如下命令：yum install libxslt libxslt-devel

3）

/bin/ld: libpq/SUBSYS.o: undefined reference to symbol \'gss_delete_sec_context@@gssapi_krb5_2_MIT\'
/bin/ld: note: \'gss_delete_sec_context@@gssapi_krb5_2_MIT\' is defined in DSO /lib64/libgssapi_krb5.so.2 so try adding it to the linker command line
/lib64/libgssapi_krb5.so.2: could not read symbols: Invalid operation
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [postgres] Error 1
make[2]: Leaving directory `/home/greenplum/src/backend\'
make[1]: *** [all] Error 2
make[1]: Leaving directory `/home/greenplum/src\'
make: *** [all] Error 2

类似这种错误基本都是安装步骤中第4步没有配置导致的

4）

checking for flags to link embedded Perl... Can\'t locate ExtUtils/Embed.pm in @INC (@INC contains: /usr/local/lib64/perl5 /usr/local/share/perl5 /usr/lib64/perl5/vendor_perl /usr/share/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5 /usr/share/perl5 .).
BEGIN failed--compilation aborted.
no
configure: error: could not determine flags for linking embedded Perl.
This probably means that ExtUtils::Embed or ExtUtils::MakeMaker is not installed.

yum install perl-ExtUtils-Embed -y

5）

checking for xmlSaveToBuffer in -lxml2... no
configure: error: library \'xml2\' (version >= 2.6.23) is required for XML support

yum install libxml2 libxml2-devel -y

6)

checking Checking ORCA version... configure: error: Your ORCA version is expected to be 2.51.XXX

这说明你装的orca的版本是不匹配的，需要安装匹配版本，那么如何在安装前知道需要什么版本，执行如下命令：

cd /home/gpdb_src/depends
cat conanfile_orca.txt

这里在文件中可以看到如下记录：

[requires]
orca/v2.51.0@gpdb/stable

到github上找到对应版本下载安装即可。

当需要更换版本时，需要清理掉之前已经安装的版本。默认情况下安装在/usr/local/目录下，根据安装的路径，执行如下命令删除已经安装的版本

rm -rf build/*
rm -rf /usr/local/include/naucrates
rm -rf /usr/local/include/gpdbcost
rm -rf /usr/local/include/gpopt
rm -rf /usr/local/include/gpos
rm -rf /usr/local/lib/libnaucrates.so*
rm -rf /usr/local/lib/libgpdbcost.so*
rm -rf /usr/local/lib/libgpopt.so*
rm -rf /usr/local/lib/libgpos.so*

注意：

1、build位于gporca编译目录，其是编译时cmake产生的一些文件

2、如果重新安装了版本一定要执行ldconfig命令，否则新的版本不会在缓存中更新，会一直报上述错误

7)

unable to execute gcc: No such file or directory
    error: command \'gcc\' failed with exit status 1

    ----------------------------------------
Command "/usr/bin/python2 -u -c "import setuptools, tokenize;__file__=\'/tmp/pip-build-4lu7Y0/psutil/setup.py\';f=getattr(tokenize, \'open\', open)(__file__);code=f.read().replace(\'\\r\\n\', \'\\n\');f.close();exec(compile(code, __file__, \'exec\'))" install --record /tmp/pip-YPgXFP-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-4lu7Y0/psutil/

yum install -y gcc

8）如果使用编译参数：--with-gssapi可能会报如下错误：

checking for library containing gss_init_sec_context... no
configure: error: could not find function \'gss_init_sec_context\' required for GSSAPI

安装gssapi即可：pip install gssapi

而安装gssapi可能报如下错误：

Complete output from command python setup.py egg_info:
    In distributed package, building from C files...
    Traceback (most recent call last):
      File "<string>", line 1, in <module>
      File "/tmp/pip-build-CHeKis/gssapi/setup.py", line 98, in <module>
        raise Exception("Could not find main GSSAPI shared library.  Please "
    Exception: Could not find main GSSAPI shared library.  Please try setting GSSAPI_MAIN_LIB yourself or setting ENABLE_SUPPORT_DETECTION to \'false\'

    ----------------------------------------
Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-CHeKis/gssapi/

需要安装如下工具：yum install -y krb5-devel.x86_64

9)

checking for apr-1-config... no
configure: error: apr-1-config is required for gpfdist, unable to find binary

yum install -y apr-devel

10)

checking for library containing event_add... no
configure: error: libevent is required for gpfdist

yum install -y libevent-devel

11)

checking for curl-config... no
*** The curl-config script could not be found. Make sure it is
*** in your path, and that curl is properly installed.
*** Or see http://curl.haxx.se/
configure: error: Library requirements (curl) not met.

yum install -y libcurl-devel.x86_64

12）

checking for bzlib.h... no
configure: error: header file <bzlib.h> is required for bzip2 support

yum install -y bzip2-devel

13）安装psutil时可能报如下错误：

psutil/_psutil_common.c:9:20: fatal error: Python.h: No such file or directory
     #include <Python.h>
                        ^
    compilation terminated.
    error: command \'gcc\' failed with exit status 1

    ----------------------------------------
Command "/usr/bin/python2 -u -c "import setuptools, tokenize;__file__=\'/tmp/pip-build-3gzCd8/psutil/setup.py\';exec(compile(getattr(tokenize, \'open\', open)(__file__).read().replace(\'\\r\\n\', \'\\n\'), __file__, \'exec\'))" install --record /tmp/pip-EAY9ck-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-3gzCd8/psutil/

yum install -y python-devel.x86_64

 

14)

ERROR: orca/v3.21.0@gpdb/stable: Error in build() method, line 48
        cmake.configure(defs=cmake_defines)
        ConanException: Error 256 while executing cd \'/home/gpdb_src/gpdb-5.16.0/depends/.conan/data/orca/v3.21.0/gpdb/stable/build/4f7d6d5032b1a188f98e0c149ef6bf91e76af63e\' && cmake -G "Unix Makefiles" -DCMAKE_BUILD_TYPE="Release" -DCONAN_EXPORTED="1" -DCONAN_IN_LOCAL_CACHE="ON" -DCONAN_COMPILER="gcc" -DCONAN_COMPILER_VERSION="4.8" -DCONAN_CXX_FLAGS="-m64" -DCONAN_SHARED_LINKER_FLAGS="-m64" -DCONAN_C_FLAGS="-m64" -DCONAN_LIBCXX="libstdc++" -DBUILD_SHARED_LIBS="ON" -DCMAKE_INSTALL_PREFIX="/home/gpdb_src/gpdb-5.16.0/depends/.conan/data/orca/v3.21.0/gpdb/stable/package/4f7d6d5032b1a188f98e0c149ef6bf91e76af63e" -DCMAKE_INSTALL_BINDIR="bin" -DCMAKE_INSTALL_SBINDIR="bin" -DCMAKE_INSTALL_LIBEXECDIR="bin" -DCMAKE_INSTALL_LIBDIR="lib" -DCMAKE_INSTALL_INCLUDEDIR="include" -DCMAKE_INSTALL_OLDINCLUDEDIR="include" -DCMAKE_INSTALL_DATAROOTDIR="share" -DCMAKE_EXPORT_NO_PACKAGE_REGISTRY="ON" -Wno-dev \'/home/gpdb_src/gpdb-5.16.0/depends/.conan/data/orca/v3.21.0/gpdb/stable/build/4f7d6d5032b1a188f98e0c149ef6bf91e76af63e\'
make: *** [orca] Error 1

yum install gcc-c++

 

15)该问题可能出现在make阶段

***
ERROR: `bison\' is missing on your system. It is needed to create the
file `gram.c\'. You can either get bison from a GNU mirror site
or download an official distribution of PostgreSQL, which contains
pre-packaged bison output.
***
make[3]: *** [gram.c] Error 1
make[3]: Leaving directory `/home/gpdb_src/gpdb-5.16.0/src/backend/parser\'
make[2]: *** [parser/gram.h] Error 2
make[2]: *** Waiting for unfinished jobs....
AWK=\'gawk\' /bin/sh Gen_fmgrtab.sh pg_proc_combined.h.tmp
make[3]: Leaving directory `/home/gpdb_src/gpdb-5.16.0/src/backend/utils\'
make[2]: Leaving directory `/home/gpdb_src/gpdb-5.16.0/src/backend\'
make[1]: *** [all] Error 2
make[1]: Leaving directory `/home/gpdb_src/gpdb-5.16.0/src\'
make: *** [all] Error 2

同样的flex也可能出现类似问题，解决稍微麻烦一点

yum install -y bison.x86_64 bison-devel.x86_64

 

之后需要make clean

重新执行安装流程

 

15)

In file included from include/reader.h:4:0,
                 from include/gpreader.h:4,
                 from src/gpreader.cpp:1:
include/s3common_headers.h:8:26: fatal error: openssl/hmac.h: No such file or directory
 #include <openssl/hmac.h>
                          ^
compilation terminated.

yum install -y openssl-devel

 

四、参考资料

http://blog.csdn.net/luojinbai/article/details/44217551

https://www.cnblogs.com/codeblock/p/4730122.html

https://github.com/greenplum-db/gpdb/tree/5.16.0