python使用KNeighborsClassifier出现FutureWarning: Unlike other reduction functions (e.g. `skew`, `kurtosi

Posted 2023-04-03 Buccellati_

问题：

在python中使用KNeighborsClassifier函数出现如下警告：

FutureWarning: Unlike other reduction functions (e.g. `skew`, `kurtosis`), the default behavior of `mode` typically preserves the axis it acts along. In SciPy 1.11.0, this behavior will change: the default value of `keepdims` will become False, the `axis` over which the statistic is taken will be eliminated, and the value None will no longer be accepted. Set `keepdims` to True or False to avoid this warning.

mode, _ = stats.mode(_y[neigh_ind, k], axis=1)

未来警告：不像其他缩减函数（如`skew', `kurtosis'），`mode'的默认行为通常会保留它所沿的轴。在SciPy 1.11.0中，这种行为将发生变化：`keepdims`的默认值将变为False，统计的`轴'将被消除，不再接受None值。将`keepdims'设置为True或False以避免这种警告。

mode, _ = stats.mode(_y[neigh_ind, k], axis=1)

即在未来的1.11.0版本SciPy中，stats.mode里面的keepdims的默认值不再是None了。需要将`keepdims'设置为True或False以避免这种警告。

查看scipy.stats.mode的官方文档

scipy.stats.mode(a, axis=0, nan_policy='propagate', keepdims=None)

其中keepdims如果设置为False，则统计数据所在的轴将被消耗（从输出阵列中消除），就像其他缩减函数（例如偏度、峰度）一样。如果设置为True，则轴将保留为大小1，并且结果将针对输入阵列正确广播。默认值None是为向后兼容而保留的未定义的遗留行为。

在SciPy 1.11.0中，此行为将发生变化：keepdims的默认值将变为False，统计数据所在的轴将被消除，None将不再被接受。

从1.9.0版开始出现此警告，目前(2023年1月)为1.10.0版本，换句话说，将SciPy降到1.8.0可能也可以消除此警告(未尝试)

解决方法：

方法一：

(ctrl+左键)打开KNeighborsClassifier的源码，搜索

mode, _ = stats.mode(_y[neigh_ind, k], axis=1)

 在里面加上“, keepdims=True”，重启jupyter内核即可。

方法二：

在使用KNeighborsClassifier(n_neighbors=5, *, weights='uniform', algorithm='auto', leaf_size=30, p=2, metric='minkowski', metric_params=None, n_jobs=None)

时，只有在weights='uniform' 时才会用到stats.mode。其中uniform是均等权重，即邻域中的所有点的权重相等，相当于取众数。

可将其改为weights='distance' 。这种情况下，距离近的近邻点比距离远的近邻点具有更大的权重，且未使用stats.mode。

(weights='uniform' 相当于直接取众数，类似简单平均；

weights='distance' 类似加权平均，可以简单地理解为以距离的倒数作为权重的"加权众数"。

由于KNN假设距离近的样本更相似，距离远的样本不相似，因此这种方式看上去似乎更合理)

使用嵌入式 Python

文章目录

• ​​第六章 使用嵌入式 Python （三）​​
• ​​从 ObjectScript 调用嵌入式 Python 代码​​

• ​​使用 Python 库​​
• ​​调用用 `Python` 编写的 `IRIS` 类的方法​​
• ​​运行用 `Python` 编写的 `SQL` 函数或存储过程​​
• ​​运行任意 Python 命令​​

第六章 使用嵌入式 Python （三）

从 ObjectScript 调用嵌入式 Python 代码

使用 Python 库

嵌入式 ​​Python​​​ 让可以轻松访问数以千计的有用库。通常称为“包”，它们需要从 ​​Python​​​ 包索引 ​​(PyPI)​​​ 安装到 ​​<installdir>/mgr/python​​ 目录中，然后才能使用。

例如，​​ReportLab Toolkit​​​ 是一个用于生成 ​​PDF​​​ 和图形的开源库。以下命令使用软件包安装程序 ​​irispip​​​ 在 ​​Windows​​​ 系统上安装 ​​ReportLab​​：

C:\\InterSystems\\IRIS\\bin>irispip install --target C:\\InterSystems\\IRIS\\mgr\\python reportlab

在基于 ​​UNIX​​ 的系统上，使用：

$ pip3 install --target /InterSystems/IRIS/mgr/python reportlab

安装包后，可以使用 ​​%SYS.Python​​​ 类的 ​​Import()​​​ 方法在​​ ObjectScript​​ 代码中使用它。

给定一个文件位置，以下 ​​ObjectScript​​​ 方法 ​​CreateSamplePDF()​​​ 创建一个示例 ​​PDF​​ 文件并将其保存到该位置。

Class Demo.PDF


ClassMethod CreateSamplePDF(fileloc As %String) As %Status

    set canvaslib = ##class(%SYS.Python).Import("reportlab.pdfgen.canvas")
    set canvas = canvaslib.Canvas(fileloc)
    do canvas.drawImage("C:\\Sample\\isc.png", 150, 600)
    do canvas.drawImage("C:\\Sample\\python.png", 150, 200)
    do canvas.setFont("Helvetica-Bold", 24)
    do canvas.drawString(25, 450, "InterSystems IRIS & Python. Perfect Together.")
    do canvas.save()

该方法的第一行从 ​​ReportLab​​​ 的 ​​pdfgen​​​ 子包中导入 ​​canvas.py​​​ 文件。第二行代码实例化一个 ​​Canvas​​​ 对象，然后继续调用它的方法，这与调用任何 ​​IRIS​​ 对象的方法很相似。

然后，可以以通常的方式调用该方法：

do ##class(Demo.PDF).CreateSamplePDF("C:\\Sample\\hello.pdf")

在指定位置生成并保存以下 ​​PDF​​：

调用用 ​​Python​​​ 编写的 ​​IRIS​​ 类的方法

可以使用嵌入式 ​​Python​​​ 在 ​​IRIS​​​ 类中编写方法，然后从 ​​ObjectScript​​​ 调用它，就像调用用 ​​ObjectScript​​ 编写的方法一样。

下一个示例使用 ​​usaddress-scourgify​​​ 库，可以从 ​​Windows​​ 上的命令行安装，如下所示：

C:\\InterSystems\\IRIS\\bin>irispip install --target C:\\InterSystems\\IRIS\\mgr\\python usaddress-scourgify

在基于 ​​UNIX​​ 的系统上，使用：

$ pip3 install --target /InterSystems/IRIS/mgr/python usaddress-scourgify

下面的演示类包含美国地址部分的属性和一个用 ​​Python​​​ 编写的方法，该方法使用 ​​usaddress-scourgify​​ 根据美国邮政服务标准对地址进行规范化。

Class Demo.Address Extends %Library.Persistent


Property AddressLine1 As %String;

Property AddressLine2 As %String;

Property City As %String;

Property State As %String;

Property PostalCode As %String;

Method Normalize(addr As %String) [ Language = python ]


    from scourgify import normalize_address_record
    normalized = normalize_address_record(addr)

    self.AddressLine1 = normalized[address_line_1]
    self.AddressLine2 = normalized[address_line_2]
    self.City = normalized[city]
    self.State = normalized[state]
    self.PostalCode = normalized[postal_code]

给定地址字符串作为输入，类的 ​​Normalize()​​​ 实例方法规范化地址并将每个部分存储在 ​​Demo.Address​​ 对象的各种属性中。

可以按如下方式调用该方法：

USER>set a = ##class(Demo.Address).%New()
 
USER>do a.Normalize("One Memorial Drive, 8th Floor, Cambridge, Massachusetts 02142")
 
USER>zwrite a
a=[e-mail]  <OREF>
+----------------- general information ---------------
|      oref value: 3
|      class name: Demo.Address
| reference count: 2
+----------------- attribute values ------------------
|       %Concurrency = 1  <Set>
|       AddressLine1 = "ONE MEMORIAL DR"
|       AddressLine2 = "FL 8TH"
|               City = "CAMBRIDGE"
|         PostalCode = "02142"
|              State = "MA"
+-----------------------------------------------------

运行用 ​​Python​​​ 编写的 ​​SQL​​ 函数或存储过程

当使用嵌入式 ​​Python​​​ 创建 ​​SQL​​​ 函数或存储过程时， ​​IRIS​​​ 会投影一个具有可从 ​​ObjectScript​​ 调用的方法的类，就像使用任何其他方法一样。

例如，本文档前面示例中的 ​​SQL​​​ 函数会生成一个类 ​​User.functzconvert​​​，它有一个 ​​tzconvert()​​​ 方法。从 ​​ObjectScript​​ 调用它，如下所示：

USER>zwrite ##class(User.functzconvert).tzconvert($zdatetime($h,3),"US/Eastern","UTC")
"2021-10-20 15:09:26"

这里，​​$zdatetime($h,3)​​​ 用于将当前日期和时间从 ​​$HOROLOG​​​ 格式转换为 ​​ODBC​​ 日期格式。

运行任意 Python 命令

有时，当开发或测试嵌入式 ​​Python​​​ 代码时，从 ​​ObjectScript​​​ 运行任意 ​​Python​​​ 命令会很有帮助。可以使用 ​​%SYS.Python​​​ 类的 ​​Run()​​ 方法来执行此操作。

也许想测试本文档前面使用的 ​​usaddress_scourgify​​​ 包中的 ​​normalize_address_record()​​​ 函数，但不记得它是如何工作的。可以使用 ​​%SYS.Python.Run()​​ 方法从终端输出函数的帮助，如下所示：

USER>set rslt = ##class(%SYS.Python).Run("from scourgify import normalize_address_record")
 
USER>set rslt = ##class(%SYS.Python).Run("help(normalize_address_record)")      
Help on function normalize_address_record in module scourgify.normalize:
normalize_address_record(address, addr_map=None, addtl_funcs=None, strict=True)
    Normalize an address according to USPS pub. 28 standards. an address string, or a dict-like with standard address fields
    (address_line_1, address_line_2, city, state, postal_code), removes
    unacceptable special characters, extra spaces, predictable abnormal
    character sub-strings and phrases, abbreviates directional indicators
    and street types. applicable, line 2 address elements (ie: Apt, Unit)
    are separated from line 1 inputs.
.
.
.

​​%SYS.Python.Run()​​​ 方法在成功时返回 ​​0​​​，在失败时返回 ​​-1​​。