【java】-关于String的使用以及其输出结果的问题

Posted 2023-04-03

RT... 输出的结果为什么会是这种形式? 求解

==是比较内存地址的

String的两种创建方式

String str1=“abc”;在字符串常量池中生成abc ，如果有不生成直接引用。

所以str1与str3地址一样

String str2=new String("abc");在堆中生成String对象其值为“abc”

 

如果用equals比较所有结果都为true

追问

我只是想知道为什么前三句中的字符串不输出，并且第二句不是应该为true么，怎么也变在了false.

追答

+号的作用啊 以“str1==str3”+str1==str3为例
先进行左结合 "str1==str3"+str1生成新的字符串str1==str3abc之后在于str3比较。
想要你的结果需要用括号"str1==str3"+(str1==str3)

参考技术A 因为java内部有这样一种机制，通过string s=“334”，声明的string变量，是保存在一个缓存中，下次如果是相同的string内容，就不重新分配新的存储空间 参考技术B 个人觉得你有疑惑的的是第二个false值和第五个true值。是吗？
首先，你要知道String类型在Java里属于引用传递类型，即不可变的；String不属于基本数据类型中的一种。
其次，是关于String的两种实例方式。String str = "abc";只会生成一个对象，如果之前有的话；String str = new String("abc");则会生成两个对象。
最后，回答你的疑问：在开始时，str1和str3比较前为false，比较后位true，是因为引用传递和创建对象时开辟内存地址造成的。 参考技术C 前面的字符串和后面的字符串连接形成新的字符串，再与最后的字符串进行比较呗 参考技术D 字符串比较要用
boolean
equals(Object anObject)

将此字符串与指定的对象比较。

bwa比对软件的使用以及其结果文件（sam）格式说明

一、bwa比对软件的使用

1、对参考基因组构建索引

bwa index -a bwtsw hg19.fa   #  -a 参数：is[默认] or bwtsw，即bwa构建索引的两种算法，两种算法都是基于BWT的（BWT search while the CIGAR string by Smith-Waterman alignment.）。-a bwtsw对于短的参考序列是不工作的，必须要大于等于10Mb；-a is 不适用于大的参考序列，必须要小于等于2G；

output：hg19.fa.amb、hg19.fa.ann、hg19.fa.bwt、hg19.fa.pac和hg19.fa.sa

2、寻找输入reads文件的SA坐标

对于pair end数据，每个reads文件单独做运算，single end数据就不用说了，只有一个文件。

 pair end：

 bwa  aln  hg19.fa  read1.fq.gz  -l 30  -k 2  -t 4  -I  > read1.fq.gz.sai   or   bwa  aln  hg19.fa  read1.fq.gz  -l 30  -k 2  -t 4  -I -f read1.fq.gz.sai

 bwa  aln  hg19.fa  read2.fq.gz  -l 30  -k 2  -t 4  -I  > read2.fq.gz.sai   or   bwa  aln  hg19.fa  read2.fq.gz  -l 30  -k 2  -t 4  -I -f read2.fq.gz.sai

 single end：

 bwa  aln  hg19.fa  read.fq.gz  -l 30  -k 2  -t 4  -I  > read.fq.gz.sai       or   bwa  aln  hg19.fa  read.fq.gz  -l 30  -k 2  -t 4  -I  -f  read.fq.gz.sai 

主要参数说明：

-o int：允许出现的最大gap数。

-e int：每个gap允许的最大长度。

-d int：不允许在3’端出现大于多少bp的deletion。

-i int：不允许在reads两端出现大于多少bp的indel。

-l int：Read前多少个碱基作为seed，如果设置的seed大于read长度，将无法继续，最好设置在25-35，与-k 2 配合使用。

-k int：在seed中的最大编辑距离，使用默认2，与-l配合使用。

-t int：要使用的线程数。

-R int：此参数只应用于pair end中，当没有出现大于此值的最佳比对结果时，将会降低标准再次进行比对。增加这个值可以提高配对比对的准确率，但是同时会消耗更长的时间，默认是32。

-I int：表示输入的文件格式为Illumina 1.3+数据格式。

-B int：设置标记序列。从5’端开始多少个碱基作为标记序列，当-B为正值时，在比对之前会将每个read的标记序列剪切，并将此标记序列表示在BC SAM 标签里，对于pair end数据，两端的标记序列会被连接。

-b ：指定输入格式为bam格式。bwa  aln  hg19.fa  read.bam  > read.fq.gz.sai

3、生成sam格式的比对文件

如果一条read比对到多个位置，会随机选择一种

single end：bwa  samse  hg19.fa  read.fq.gz.sai  read.fq.gz  > read.fq.gz.sam

 参数：

 -n int：如果reads比对次数超过多少次，就不在XA标签显示。

 -r str：定义头文件。‘@RG\\tID:foo\\tSM:bar’，如果在此步骤不进行头文件定义，在GATK后续分析中还是需要重新增加头文件。

pair end：bwa sampe -a 500 read1.fq.gz.sai read2.fq.gz.sai read1.fq.gz read2.fq.gz > read.sam

参数：

-a int：最大插入片段大小。

-o int：pair end两reads中其中之一所允许配对的最大次数，超过该次数，将被视为single end。降低这个参数，可以加快运算速度，对于少于30bp的read，建议降低-o值。

-r str：定义头文件。同single end。

-n int：每对reads输出到结果中的最多比对数。

4、其他

（1）

bwa mem ref.fa reads.fq > aln-se.sam 单端测序

bwa mem ref.fa read1.fq read2.fq > aln-pe.sam 双端测序

（2）

bwa aln ref.fa short_read.fq > aln_sa.sai

bwa samse ref.fa aln_sa.sai short_read.fq > aln-se.sam

bwa sampe ref.fa aln_sa1.sai aln_sa2.sai read1.fq read2.fq > aln-pe.sam

（3）

bwa bwasw ref.fa long_read.fq > aln.sam

二、sam文件格式说明

1、

XT:A:U/R     Type:Unique/Repeat/N/Mate-sw    # U指第五列比对值>0;R指第五列比对值==0

参考文献：

1、《GATK使用方法详解（包含bwa使用）》http://www.tanboyu.com/gatk-bwa.html

2、《bwa英文操作手册》http://www.chinadmd.com/file/ecaeoaecwzvs3trpxpwtzows_1.html