请教关于MLST数据库的使用

Posted 2023-03-21

MLST数据库中，每种细菌一般是进行7个基因片段的测序，在网站上都有引物序列。
1. 按序列合成引物后，PCR扩增（两次独立扩增），双向测序（上下游引物分别使用一个PCR产物，避免扩增过程中引入突变）；
2. 每株菌的每个基因片段进行拼接，如果有质量不好的位点需要进行重新扩增测序；
3. 将拼接后的序列递交到数据库，数据库会返回一个Alle number，如果匹配不上，恭喜你，发现一个新的Alle，将原始峰图文件递交给网站管理者，审核合格后，会给你的序列分配一个新的Alle number。
4. 一株菌会有7个Alle number，将这7个数字输入数据库，会返回一个ST number，就是序列型，如果匹配不上，恭喜你，发现一个新的ST型。
5. 获得ST型后，可利用eBurst等软件进行简单分析；如果需用进行系统发育分析，需要将7个序列拼接起来，利用MEGA，ClonalFrame，Structure等软件进行。 参考技术A MLST数据库中，每种细菌一般是进行7个基因片段的测序，在网站上都有引物序列。
1. 按序列合成引物后，PCR扩增（两次独立扩增），双向测序（上下游引物分别使用一个PCR产物，避免扩增过程中引入突变）；
2. 每株菌的每个基因片段进行拼接，如果有质量不好的位点需要进行重新扩增测序；
3. 将拼接后的序列递交到数据库，数据库会返回一个Alle number，如果匹配不上，恭喜你，发现一个新的Alle，将原始峰图文件递交给网站管理者，审核合格后，会给你的序列分配一个新的Alle number。
4. 一株菌会有7个Alle number，将这7个数字输入数据库，会返回一个ST number，就是序列型，如果匹配不上，恭喜你，发现一个新的ST型。
5. 获得ST型后，可利用eBurst等软件进行简单分析；如果需用进行系统发育分析，需要将7个序列拼接起来，利用MEGA，ClonalFrame，Structure等软件进行。