3D Slicer实现纤维追踪（大脑纤维束成像）+核磁共振影像数据处理

Posted 2021-08-27 Data+Science+Insight

3D Slicer实现纤维追踪（大脑纤维束成像）+核磁共振影像数据处理

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3D Slicer实现纤维追踪（大脑纤维束成像）
1、选择模块Tractography Seeding

2、参数选择
Parmeters Node（参数节点）：
Parameters（参数）：选择现有设置或创建一个新的设置。
Presets（预设）：
Slicer4 Interactive Seeding Defaults：默认的Slicer4交互种子。
Slicer3 Labelmap Seeding Defaults：默认的Slicer3标签映射种子。
Slicer3 Fiducial Seeding Defaults：默认的Slicer3基准点种子。
Input DTI Volume：输入DTI影像
Output Fiber Bundle：输出纤维束
Seeding（种子）：
Input Fiducials，Model or Label Map：选择一个现有的基准点列表、模型或标签映射体数据作为跟踪的种子。
Seeding Label Value：种子标签值，默认为1。
Seed Spacing（mm）：种子间距，表示选取种子间的距离，单位为毫米，注意功能该选项仅在没有使用索引空间（Use Index Space）时才生效。
Use Index Space：使用索引空间，勾选后在IJK中选择体素作为种子。
Random Grid：随机网格，随机选取种子点。
纤维束参数(Tratography Parameters)
Threshold Type：阈值类型，Fractional Anisotropy
Seeding Threshold：种子开始阈值。例如上面选择FA，则只有FA不小于该值时开始做纤维追踪。
Stopping Threshold：种子停止阈值。
Integration Step Length（mm）：纤维追踪的步进长度。
 

结果