医学影像阅读/分析软件FSLeyes安装避坑+核磁共振影像数据处理

Posted 2021-08-27 Data+Science+Insight

医学影像阅读/分析软件FSLeyes安装避坑+核磁共振影像数据处理

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笔者在MacOS或Linux系统安装FSL系列软件时，多次遇到FSL附属的医学影像阅读软件FSLeyes无法正常工作的问题。查阅过大量然人头大的资料、帖子，尝试各种方法，比如修改OpenGL相关文件，下载独立的FSLeyes使用等均无效。最后一番摸索，通过在独立的虚拟环境中安装的方式解决了问题，且听我详细说明。

1、下载并安装Anaconda。（官网地址https://www.anaconda.com/）
2、创建虚拟环境。

conda create -n fslpython python=3.8

注意，据说新版本的fsleyes需要至少3.6以上的python支持。
3、激活虚拟环境。

conda activate fslpython

4、通过conda-forge安装fsleyes

conda install -c conda-forge fsleyes

5、通过上述方法安装的虚拟环境中的fsleyes已经能够正常工作，但点击fsl交互界面中的FSLeyes按钮仍无法正常启动。原因在于该处目前仍然在调用失效的FSLeyes。需要先删除原来的FSLeyes。其位于FSL安装目录下的bin文件夹内，例如：

rm /usr/local/fsl/bin/fsleyes

6、删除了旧的FSLeyes还不行，还要通过软连接的方式，是交互界面能够调用FSLeyes。

ln -s /opt/anaconda3/envs/fslpython /usr/local/fsl/bin/fsleyes

至此应该已经可以通过FSL交互界面启动FSLeyes了。