非[无]root权限 服务器 下安装perl以及perl模块--转载
Posted nkwy2012
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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了非[无]root权限 服务器 下安装perl以及perl模块--转载相关的知识,希望对你有一定的参考价值。
转载自http://www.zilhua.com
在本博客中,所有的软件安装都在服务器上,且无root权限。理论上适合所有的用户。
我的安装目录 cd /home/zilhua/software
1、在官方网站下载新版本的源码包:
http://www.perl.org/get.html,版本自己选择,我下载的是perl-5.18.0.tar.gz
2、解压
tar zxvf perl-5.18.0.tar.gz
3.进入解压目录
cd /home/zilhua/software/perl-5.18.0
4.编译
./Configure –help的提示如下:
./Configure -des -Dprefix=/home/zilhua/software/perl-5.18.0 -Dusethreads
make //这个过程会比较久,因为源码文件有那么大。
make install
等待这个命令完成后,基本安装就完成了。
5.更改路径
vim ~/.bashrc
在里面添加:
export PATH=/home/zilhua/software/perl-5.18.0/bin:$PATH
保存,更新路径:source ~/.bashrc
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这样就能保证你安装不需要root权限,在以后安装模块时,也不需要root权限了。
那么怎么在无root的情况下安装模块了?
方法一:安装上面的方法安装perl之后,安装模块用cpan也不需要root权限了:
perl -MCPAN -e shell
方法二:手动安装模块:
进入模块所在路径,就是你的模块安装到哪里,你就cd进去,然后执行下面的命令…
perl Makefile.PL PREFIX=/home/zilhua/software/perl-5.18.0/lib
make;
make test;
make install
注意PREFI的格式,必须要写成这几个字,前面不能加-或者–,不能小写
2. 设置环境变量,使当前系统的perl程序能够自动找到安装的模块
vim ~/.bashprofile 添加
export PATH=/home/zilhua/software/perl-5.18.0/lib
保存并关闭.bash_profile文件
按照上面的方法更新路径
注意:一般手动安装的模块最后还需要自己重新改一下名字的。
方法3:使用模块 local::lib(不推荐)
先手动安装这个模块,然后再用这个模块安装其他模块。
http://search.cpan.org/~haarg/local-lib-2.000004/lib/local/lib.pm
以下是详细步骤:
tar -xzf local-lib-2.000004.tar.gz
cd local-lib-2.000004.tar.gz
下一步,将local::lib加入至bootstrap当中去。这一步会在用户HOME目录下新建一个perl5的目录,并且指定它为将来安装perl模块的目录。
perl Makefile.PL –bootstrap
而后安装local::lib
make
make test
make install
而后试运行一下perl
perl -MCPAN -e shell
一路选择默认值,然后退出。这一步,perl会将本地的模块搜索目录放入至.bashrc文件尾部。
安装其它perl模块
这个时候我们就可以进行非root权限的perl模块安装了。我们首先需要从先前的terminal窗口中退出来,重开一个terminal窗口,这样就会过一遍.bashrc文件。试着安装一个模块,
perl -MCPAN -eshell
nolock_cpan[1]> install File::ReadBackwards
一切OK。
为cluster扩展library path
可以简单的在qsub文件中运行perl之前加入PERL5LIB的搜索路径
echo $PERL5LIB
然后将传回的值写入qsub当中去
PERL5LIB=/home/path/lib:/usr/another/path/lib; export PERL5LIB
也可在执行命令中加入-I参数
perl -I /home/path/lib -I /usr/another/lib script.pl
或者在pl文件头里加入lib的路径
!/usr/bin/perl
use lib “/home/path/lib”;
use lib “/usr/another/lib”;
use MyCustomModule;
在使用Linux或是unix时,perl是一个非常有用的脚本的语言。
关于perl的模块安装,网上也有很多介绍,一方面可以通过不同套件自带的软件安装工具安装,一方面可以通过cpan安装,再者就是可以直接编译源代码。
这样,对于拥有root权限的用户来说,没有任何问题,可是对于不拥有root权限的一般用户来说,如果想在自己的home目录下安装与使用
perl的模块,还有很多特别之
处。我这里就是专门介绍如何在一般用户的home目录下安装以及使用perl模块的。
编译与安装模块:
一般来说有几步基本步骤:
% perl Makefile.PL
% make
% make test
% make install
%
make clean
不同于拥有root权限的安装,对于用户,必须在第一步指定一个拥有合适权限的安装模块的目标路径。
比如说perl Makefile.PL –PREFIX=/home/USERNAME/usr
# Unix users, INSTALL_BASE=~ works fine perl Makefile.PL INSTALL_BASE=/path/to/your/home/dirhttp://search.cpan.org/~mschwern/ExtUtils-MakeMaker-6.56/lib/ExtUtils/MakeMaker.pm
让你的脚本能够找到你安装的模块
当你像上面一步那样安装了模块在/home/USERNAME/usr下面后,如果在你的程序中要用到这些模
块,你可以通
过两种方法实现:
use lib qw(/home/USERNAME/usr/lib/perl5
/home/USERNAME/usr/lib/perl5/site_perl);
或者BEGIN { unshift @INC, qw(/usr/home/USERNAME/usr/local/lib/perl5
/usr/home/USERNAME/usr/local/lib/perl5/site_perl); }
其原理就是perl搜索模块的路径存放在@INC数组中,只要将用户自定义的模块路径加入到该数组中就行。
在perl脚本外设置perl模块搜索路径
如果需要在perl脚本外设置perl模块搜索路径(比如说要解决安装模块的依赖关系)时,可以通过设置环境变量来解决。方法如下:
export PERL5LIB = /home/<username>/usr/lib/
/home/<username>/usr/lib/perl5/site_perl
当然如果你把它放在.bashrc中,此设置便可在以后每次登录系统都会起作用。
http://www.linuxso.com/linuxpeixun/15988.html
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Linux系统已经自带了perl,但是如果需要末一个模块的时候,可以单独安装模块,使用如下方式。
1.安装模块
perl Makefile.PL PREFIX=/home/zengyf/local/perl
make;
make test;
make install
2.设置环境变量,使当前系统的perl程序能够自动找到安装的模块
export PERL5LIB=/home/zengyf/local/perl/lib64/perl5/:/home/zengyf/local/perl/lib64/perl5/site_perl
另外安装mod_perl的话
perl Makefile.PL MP_AP_PREFIX=/home/zengyf/local/apache-2.2.9 PREFIX=/home/zengyf/local/pe
以上是关于非[无]root权限 服务器 下安装perl以及perl模块--转载的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章
无root权限下利用miniconda2成功安装samtools1.5