metaxcan出现“AttributeError: Can only use .str accessor with string values!”报错的解决方案

Posted 2021-05-18 橙子牛奶糖

跑metaxcan时遇到报错提示：AttributeError: Can only use .str accessor with string values!

仔细排查，发现是输入文件分隔符的问题。
我的输入文件分隔符是空白分隔符，而metaxcan要求输入文件分隔符必须是tab

因此，重新生成输出分隔符为tab的文件：
awk -v OFS=\'\\t\' \'{print $1,$2,$3,$4}\' input > newinput

再次运行metaxcan就没报错了。