RNA-seq:Kallisto+Sleuth (2)

Posted 2023-05-15

参考技术A RNA-seq在完成转录本的鉴定及定量后，我们经常做的分析之一就是差异表达。通常我们使用较多的有以下工具：

而Kallisto主要推荐的下游分析软件是Sleuth这个R包。Sleuth与其他常用的包进行比较其结果还是很不错的。

下面我们来介绍一下该包的使用。

如果你安装了conda，也可以通过命令行的方式安装 conda install --channel bioconda r-sleuth

以上就是Sleuth 的应用。如果你依然还是想要使用经典的DESeq2，你可以这样导入文件：

然后就可使用DESeq2进行下游的分析。

Springcloud集成Sleuth

Springcloud集成Sleuth

• Sleuth是什么
• Sleuth之zipkin搭建安装
• Sleuth链路监控展现

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Sleuth是什么

为什么会出现这个技术？要解决哪些问题？

在微服务框架中，一个由客户端发起的请求在后端系统中会经过多个不同的的服务节点调用来协同产生最后的请求结果，每一个前端请求都会形成一条复杂的分布式服务调用链路，链路中的任何一环出现高延时或错误都会引起整个请求最后的失败。

是什么

• https://github.com/spring-cloud/spring-cloud-sleuth
• Spring Cloud Sleuth提供了一套完整的服务跟踪的解决方案
• 在分布式系统中提供追踪解决方案并且兼容支持了zipkin

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解决

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Sleuth之zipkin搭建安装

1.zipkin

SpringCloud2.0之后要么以jar启动zipkin服务器，要么使用docker。

这里使用docker

拉取最新的zipkin镜像

docker pull openzipkin/zipkin

后台启动zipkin服务器，对外暴露端口9411

docker run -d -p 9411:9411 openzipkin/zipkin

运行控制台
http://192.168.112.128:9411/zipkin/

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术语

完整的调用链路

表示一请求链路，一条链路通过Trace ld唯一标识，Span标识发起的请求信息，各span通过parent id关联起来

整个链路的依赖关系如下：

名词解释

• Trace：类似于树结构的Span集合，表示一条调用链路，存在唯一标识
• span：表示调用链路来源，通俗的理解span就是一次请求信息

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Sleuth链路监控展现

2.服务提供者

cloud-eurkea-provider-payment8001

POM

<!--包含了sleuth+zipkin-->
<dependency>
    <groupId>org.springframework.cloud</groupId>
    <artifactId>spring-cloud-starter-zipkin</artifactId>
</dependency>

YML

eureka:
  client:
    #表示是否将自己注册进Eurekaserver默认为true。
    register-with-eureka: true
    #是否从EurekaServer抓取已有的注册信息，默认为true。单节点无所谓，集群必须设置为true才能配合ribbon使用负载均衡
    fetchRegistry: true
    service-url:
      #入驻的地址
      defaultZone: http://eureka7001.com:7001/eureka #, http://eureka7002.com:7002/eureka #集群版
spring:
  application:
    name: CLOUD-PAYMENT-SERVICE
    zipkin: #<-------------------------------------关键 
      base-url: http://192.168.112.128:9411
      sleuth: #<-------------------------------------关键
        sampler:
        #采样率值介于 0 到 1 之间，1 则表示全部采集
        probability: 1

server:
  port: 8001

业务类PaymentController

@GetMapping("/payment/zipkin")
    public String paymentZipkin() {
        return "hi ,i'am paymentzipkin server fall back，welcome to here, O(∩_∩)O哈哈~";
    }    

3.服务消费者(调用方)

cloud-eurkea-consumer-order80

POM

<dependency>
    <groupId>org.springframework.cloud</groupId>
    <artifactId>spring-cloud-starter-zipkin</artifactId>
</dependency>

YML

server:
  port: 80

spring:
  application:
    name: cloud-order-service
  zipkin:
    base-url: http://192.168.112.128:9411
  sleuth:
    sampler:
      probability: 1

eureka:
  client:
    #表示是否将自己注册进Eurekaserver默认为true。
    register-with-eureka: true
    #是否从EurekaServer抓取已有的注册信息，默认为true。单节点无所谓，集群必须设置为true才能配合ribbon使用负载均衡
    fetchRegistry: true
    service-url:
      defaultZone: http://eureka7001.com:7001/eureka, http://eureka7002.com:7002/eureka #集群版

业条类OrderController

   // ====================> zipkin+sleuth
    @GetMapping("/consumer/payment/zipkin")
    public String paymentZipkin()
    {
        String result = restTemplate.getForObject("http://localhost:8001"+"/payment/zipkin/", String.class);
        return result;
    }

4.依次启动eureka7001/8001/80 - 80调用8001几次测试下

5.打开浏览器访问: http://localhost:9411