利用mysql客户端查询UCSC数据库

Posted 2020-12-05 青蛙快飞

 

UCSC Genome Browser是由University of California Santa Cruz (UCSC) 创立和维护的，该站点包含有人类、小鼠和大鼠等多个物种的基因组草图和注释信息，并提供一系列的网页分析工具。

• 1.mysql安装

本人使用的是Centos6.8系统，推荐使用yum安装。

$ yum install -y mysql mysql-devel mysql-server

• 2.MySQLdb安装

MySQLdb是MySQL的一个线程兼容接口，提供了python数据库API，推荐yum安装。

$ yum install -y MySQL-python

• 3.使用脚本geneInfo.py获得基因（注，为geneSymbol名）的bed信息

$ python geneInfo.py brca1

【参考列表】

UCSC数据库

UCSC数据库表结构

HGNC