环境问题—pipenv+git-lfs+dgl

Posted 2023-02-17 oliveQ

觉得自己总在和环境打交道，新环境一弄就是一下午，555…

新环境gnngls

• pipenv
• • 准备
  • 安装
  • 激活
  • 退出
• git-lfs
• • pip安装
  • 下载
  • 上传
• dgl安装
• sklearn

pipenv

pipenv是一种虚拟环境工具，一般用于直接创建项目的虚拟环境。

但pipenv可以在anaconda的虚拟环境下创建（因为Ubuntu系统python3.5，不符合pipenv目标环境的python3.8，所以反复重装）

准备

• pip install pipenv
• 项目文件pipfile&pipfile.lock的文件夹下运行以下代码

安装

• pipenv install

激活

• pipenv shell

退出

• exit

git-lfs

利用git-lfs自动链接仓库下载大文件

血泪教训：别内耗在自己想当然的事上

pip安装

curl -s https://packagecloud.io/install/repositories/github/git-lfs/script.deb.sh | sudo bash
sudo apt-get install git-lfs
git lfs install

下载

【激活-下载项目（没发现单个文件链接下载的方法）】

git lfs install
git lfs clone https://github.com/**/项目名.git

clone下载的项目：根据代码里的链接下载的大文件=自动取址（有用）
直接zip下载的项目：代码里是链接信息=指针信息（没有用）

上传

咱没整-参原文

告诉lfs需要管理的大文件，比如model.pb，运行命令git lfs track model.pb
将管理文件.gitattributes添加入git仓库git add .gitattributes
将大文件添加入git仓库，然后和其它添加方式一样

git add model.pb
git commit -m "add model file"
git push

dgl安装

因为dgl对cuda版本有要求，所以先确定python版本，cuda版本再下载whl安装

查看cuda版本

• 系统版本：nvidia-smi
• 运行版本：nvcc -V

以运行版本为准

sklearn

报错

File "/home/dell/Dev/gnngls/scripts/../gnngls/datasets.py", line 70, in __getitem__
    H = self.get_scaled_features(G)
  File "/home/dell/Dev/gnngls/scripts/../gnngls/datasets.py", line 85, in get_scaled_features
    features_transformed = self.scalers['features'].transform(features)

transform之前没有fit实例化，原文的transform改成fit_transform

features_transformed = self.scalers['features'].fit_transform(features)