MySQL默认的存储引擎是MyISAM，其他常用的就是InnoDB了。
至于到底用哪种存储引擎比较好？这个问题是没有定论的，需要根据你的需求和环境来衡量。所以对这两种引擎的概念、原理、异同和各自的优劣点有了详细的了解之后，再根据自己的情况选择起来就容易多了。
| MyISAM | InnoDB | |
|---|---|---|
| 存储结构 | 每张表被存放在三个文件：
| 所有的表都保存在同一个数据文件中（也可能是多个文件，或者是独立的表空间文件），InnoDB表的大小只受限于操作系统文件的大小，一般为2GB |
| 存储空间 | MyISAM可被压缩，存储空间较小 | InnoDB的表需要更多的内存和存储，它会在主内存中建立其专用的缓冲池用于高速缓冲数据和索引 |
| 可移植性、备份及恢复 | 由于MyISAM的数据是以文件的形式存储，所以在跨平台的数据转移中会很方便。在备份和恢复时可单独针对某个表进行操作 | 免费的方案可以是拷贝数据文件、备份 binlog，或者用 mysqldump，在数据量达到几十G的时候就相对痛苦了 |
| 事务安全 | 不支持 每次查询具有原子性 | 支持 具有事务(commit)、回滚(rollback)和崩溃修复能力(crash recovery capabilities)的事务安全(transaction-safe (ACID compliant))型表 |
| AUTO_INCREMENT | MyISAM表可以和其他字段一起建立联合索引 | InnoDB中必须包含只有该字段的索引 |
| SELECT | MyISAM更优 | |
| INSERT | InnoDB更优 | |
| UPDATE | InnoDB更优 | |
| DELETE | InnoDB更优 它不会重新建立表，而是一行一行的删除 | |
| COUNT without WHERE | MyISAM更优。因为MyISAM保存了表的具体行数 | InnoDB没有保存表的具体行数，需要逐行扫描统计，就很慢了 |
| COUNT with WHERE | 一样 | 一样，InnoDB也会锁表 |
| 锁 | 只支持表锁 | 支持表锁、行锁 行锁大幅度提高了多用户并发操作的新能。但是InnoDB的行锁，只是在WHERE的主键是有效的，非主键的WHERE都会锁全表的 |
| 外键 | 不支持 | 支持 |
| FULLTEXT全文索引 | 支持 | 不支持 可以通过使用Sphinx从InnoDB中获得全文索引，会慢一点 |
总的来说，MyISAM和InnoDB各有优劣，各有各的使用环境。
但是InnoDB的设计目标是处理大容量数据库系统，它的CPU利用率是其它基于磁盘的关系数据库引擎所不能比的。
我觉得使用InnoDB可以应对更为复杂的情况，特别是对并发的处理要比MyISAM高效。同时结合memcache也可以缓存SELECT来减少SELECT查询，从而提高整体性能。