可视化篇：流式数据监控（python）
Posted 杨铖
tags:
篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了可视化篇：流式数据监控（python）相关的知识，希望对你有一定的参考价值。
preface
流式数据的监控，以下主要是从算法的呈现出发，提供一种python的实现思路
其中：
1.python是2.X版本
2.提供两种实现思路，一是基于matplotlib的animation，一是基于matplotlib的ion
全篇目录为：
一、一点构思
二、matplotlib animation实现思路
（一）、骨架与实时更新
（二）、animation的优缺点
三、matplotlib ion实现思路
（一）、实时更新
（二）、ion的优缺点
话不多说，先了解大概的效果，如下：
一、一点构思
在做此流数据输出可视化前，一直在捣鼓nupic框架，其内部HTM算法主要是一种智能的异常检测算法，是目前AI框架中垂直领域下的一股清流，但由于其实现的例子对应的流数据展示并非我想要的，故此借鉴后自己重新写了一个，主要是达到三个目的，一是展示真实数据的波动，二是展示各波动的异常得分，三是罗列异常的点。
上述的输出结构并非重点，重点是其实时更新的机制，了解后即可自行定义。另，js对于这种流数据展示应该不难，所以本文主要立足的是算法的呈现角度以及python的实现。
二、matplotlib animation实现思路
http://matplotlib.org/api/animation_api.html 链接是matplotlib animation的官方api文档
（一）、骨架与实时更新
animation翻译过来就是动画，其动画展示核心主要有三个：1是动画的骨架先搭好，就是图像的边边框框这些，2是更新的过程，即传入实时数据时图形的变化方法，3是FuncAnimation方法结尾。
下面以一个小例子做进一步说明：
1.对于动画的骨架：
# initial the figure.
x = []
y = []
fig = plt.figure(figsize=(18, 8), facecolor="white")
ax1 = fig.add_subplot(111)
p1, = ax1.plot(x, y, linestyle="dashed", color="red")以上分别对应初始化空数据，初始化图形大小和背景颜色，插入子图（三个数字分别表示几行几列第几个位置），初始化图形（数据为空）。
import numpy as np
x = np.arange(0, 1000, 1)
y = np.random.normal(100, 10, 1000)随机生成一些作图数据，下面定义update过程。
2.对于更新过程：
def update(i):
x.append(xs[i])
y.append(ys[i])
ax1.set_xlim(min(x),max(x)+1)
ax1.set_ylim(min(y),max(y)+1)
p1.set_data(x,y)
ax1.figure.canvas.draw()
return p1上述定义更新函数，参数i为每轮迭代从FuncAnimation方法frames参数传进来的数值，frames参数的指定下文会进一步说，x/y通过相应更新之后，对图形的x/y轴大小做相应的重设，再把数据通过set_data传进图形，注意ax1和p1的区别，最后再把上述的变化通过draw()方法绘制到界面上，返回p1给FuncAnimation方法。
3.对于FuncAnimation方法：
ani = FuncAnimation(fig=fig,func=update,frames=len(xs),interval=1)
plt.show()FuncAnimation方法主要是与update函数做交互，将frames参数对应的数据逐条传进update函数，再由update函数返回的图形覆盖FuncAnimation原先的图形，fig参数即为一开始对应的参数，interval为每次更新的时间间隔，还有其他一些参数如blit=True控制图形精细，当界面较多子图时，为True可以使得看起来不会太卡，关键是frames参数，下面是官方给出的注释：
可为迭代数，可为函数，也可为空，上面我指定为数组的长度，其迭代则从0开始到最后该数值停止。
该例子最终呈现的效果如下：
了解大概的实现，细节就不在这里多说了。
（二）、animation的优缺点
animation的绘制的结果相比于下文的ion会更加的细腻，主要体现在FuncAnimation方法的一些参数的控制上。但是缺点也是明显，就是必须先有指定的数据或者指定的数据大小，显然这样对于预先无法知道数据的情况没法处理。所以换一种思路，在matplotlib ion打开的模式下，每次往模板插入数据都会进行相应的更新，具体看第二部分。
三、matplotlib ion实现思路
（一）、实时更新
matplotlib ion的实现也主要是三个核心，1是打开ion，2是实时更新机制，3是呈现在界面上。
1.对于打开ion：
ion全称是 interactive on（交互打开），其意为打开一个图形的交互接口，之后每次绘图都在之前打开的面板上操作，举个例子：
import matplotlib.pyplot as plt
plt.ion()
fig = plt.figure()
ax1 = fig.add_subplot(111)
line, = ax1.plot(t, v, linestyle="-", color="r")打开交互接口，初始化图形。
2.对于实时更新机制：
import numpy as np
ys = np.random.normal(100, 10, 1000)
def p(a, b):
t.append(a)
v.append(b)
ax1.set_xlim(min(t), max(t) + 1)
ax1.set_ylim(min(v), max(v) + 1)
line.set_data(t, v)
plt.pause(0.001)
ax1.figure.canvas.draw()
for i in xrange(len(ys)):
p(i, ys[i])随机生成一组数据，定义作图函数p（包含pause表示暂定时延，最好有，防止界面卡死），传入数据实时更新。
3.对于界面最终呈现
plt.ioff()
plt.show()ioff是关闭交互模式，就像open打开文件产生的句柄，最好也有个close关掉。
最终效果如下：
（二）、ion的优缺点
animation可以在细节上控制比ion更加细腻，这也是ion没有的一点，但是单就无需预先指定数据这一点，ion也无疑是能把流数据做得更加好。
四、最后
贴一下两种方法在最开始那种图的做法，ion我定义成类，这样每次调用只需穿入参数就可以。
animation版本
# _*_ coding:utf-8 _*_
import os
import csv
import datetime
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.animation import FuncAnimation
from matplotlib.dates import DateFormatter
import matplotlib.ticker as ticker
# read the file
filePath = os.path.join(os.getcwd(), "data/anomalyDetect_output.csv")
file = open(filePath, "r")
allData = csv.reader(file)
# skip the first three columns
allData.next()
allData.next()
allData.next()
# cache the data
data = [line for line in allData]
# for i in data: print i
# take out the target value
timestamp = [line[0] for line in data]
value = [line[1:] for line in data]
# format the time style 2016-12-01 00:00:00
def timestampFormat(t):
result = datetime.datetime.strptime(t, "%Y-%m-%d %H:%M:%S")
return result
# take out the data
timestamp = map(timestampFormat, timestamp)
value_a = [float(x[0]) for x in value]
predict_a = [float(x[1]) for x in value]
anomalyScore_a = [float(x[2]) for x in value]
# initial the size of the figure
fig = plt.figure(figsize=(18, 8), facecolor="white")
fig.subplots_adjust(left=0.06, right=0.70)
ax1 = fig.add_subplot(2, 1, 1)
ax2 = fig.add_subplot(2, 1, 2)
ax3 = fig.add_axes([0.8, 0.1, 0.2, 0.8], frameon=False)
# initial plot
p1, = ax1.plot_date([], [], fmt="-", color="red", label="actual")
ax1.legend(loc="upper right", frameon=False)
ax1.grid(True)
p2, = ax2.plot_date([], [], fmt="-", color="red", label="anomaly score")
ax2.legend(loc="upper right", frameon=False)
ax2.axhline(0.8, color='black', lw=2)
# add the x/y label
ax2.set_xlabel("date time")
ax2.set_ylabel("anomaly score")
ax1.set_ylabel("value")
# add the table in ax3
col_labels = ["date time", 'actual value', 'predict value', 'anomaly score']
ax3.text(0.05, 0.99, "anomaly value table", size=12)
ax3.set_xticks([])
ax3.set_yticks([])
# axis format
dateFormat = DateFormatter("%m/%d %H:%M")
ax1.xaxis.set_major_formatter(ticker.FuncFormatter(dateFormat))
ax2.xaxis.set_major_formatter(ticker.FuncFormatter(dateFormat))
# define the initial function
def init():
p1.set_data([], [])
p2.set_data([], [])
return p1, p2
# initial data for the update function
x1 = []
x2 = []
x1_2 = []
y1_2 = []
x1_3 = []
y1_3 = []
y1 = []
y2 = []
highlightList = []
turnOn = True
tableValue = [[0, 0, 0, 0]]
# update function
def stream(i):
# update the main graph(contains actual value and predicted value)
# add the data
global turnOn, highlightList, ax3
x1.append(timestamp[i])
y1.append(value_a[i])
# update the axis
minAxis = max(x1) - datetime.timedelta(days=1)
ax1.set_xlim(minAxis, max(x1))
ax1.set_ylim(min(y1), max(y1))
ax1.figure.canvas.draw()
p1.set_data(x1, y1)
# update the anomaly graph(contains anomaly score)
x2.append(timestamp[i])
y2.append(anomalyScore_a[i])
ax2.set_xlim(minAxis, max(x2))
ax2.set_ylim(min(y2), max(y2))
# update the scatter
if anomalyScore_a[i] >= 0.8:
x1_3.append(timestamp[i])
y1_3.append(value_a[i])
ax1.scatter(x1_3, y1_3, s=50, color="black")
# update the high light
if anomalyScore_a[i] >= 0.8:
highlightList.append(i)
turnOn = True
else:
turnOn = False
if len(highlightList) != 0 and turnOn is False:
ax2.axvspan(timestamp[min(highlightList)] - datetime.timedelta(minutes=10),
timestamp[max(highlightList)] + datetime.timedelta(minutes=10),
color='r',
edgecolor=None,
alpha=0.2)
highlightList = []
turnOn = True
p2.set_data(x2, y2)
# add the table in ax3
# update the anomaly tabel
if anomalyScore_a[i] >= 0.8:
ax3.remove()
ax3 = fig.add_axes([0.8, 0.1, 0.2, 0.8], frameon=False)
ax3.text(0.05, 0.99, "anomaly value table", size=12)
ax3.set_xticks([])
ax3.set_yticks([])
tableValue.append([timestamp[i].strftime("%Y-%m-%d %H:%M:%S"), value_a[i], predict_a[i], anomalyScore_a[i]])
if len(tableValue) >= 40: tableValue.pop(0)
ax3.table(cellText=tableValue, colWidths=[0.35] * 4, colLabels=col_labels, loc=1, cellLoc="center")
return p1, p2
# main animated function
anim = FuncAnimation(fig, stream, init_func=init, frames=len(timestamp), interval=0)
plt.show()
file.close()ion版本
#! /usr/bin/python
import os
import csv
import datetime
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.animation import FuncAnimation
from matplotlib.dates import DateFormatter
import matplotlib.ticker as ticker
class streamDetectionPlot(object):
"""
Anomaly plot output.
"""
# initial the figure parameters.
def __init__(self):
# Turn matplotlib interactive mode on.
plt.ion()
# initial the plot variable.
self.timestamp = []
self.actualValue = []
self.predictValue = []
self.anomalyScore = []
self.tableValue = [[0, 0, 0, 0]]
self.highlightList = []
self.highlightListTurnOn = True
self.anomalyScoreRange = [0, 1]
self.actualValueRange = [0, 1]
self.predictValueRange = [0, 1]
self.timestampRange = [0, 1]
self.anomalyScatterX = []
self.anomalyScatterY = []
# initial the figure.
global fig
fig = plt.figure(figsize=(18, 8), facecolor="white")
fig.subplots_adjust(left=0.06, right=0.70)
self.actualPredictValueGraph = fig.add_subplot(2, 1, 1)
self.anomalyScoreGraph = fig.add_subplot(2, 1, 2)
self.anomalyValueTable = fig.add_axes([0.8, 0.1, 0.2, 0.8], frameon=False)
# define the initial plot method.
def initPlot(self):
# initial two lines of the actualPredcitValueGraph.
self.actualLine, = self.actualPredictValueGraph.plot_date(self.timestamp, self.actualValue, fmt="-",
color="red", label="actual value")
self.predictLine, = self.actualPredictValueGraph.plot_date(self.timestamp, self.predictValue, fmt="-",
color="blue", label="predict value")
self.actualPredictValueGraph.legend(loc="upper right", frameon=False)
self.actualPredictValueGraph.grid(True)
# initial two lines of the anomalyScoreGraph.
self.anomalyScoreLine, = self.anomalyScoreGraph.plot_date(self.timestamp, self.anomalyScore, fmt="-",
color="red", label="anomaly score")
self.anomalyScoreGraph.legend(loc="upper right", frameon=False)
self.baseline = self.anomalyScoreGraph.axhline(0.8, color='black', lw=2)
# set the x/y label of the first two graph.
self.anomalyScoreGraph.set_xlabel("datetime")
self.anomalyScoreGraph.set_ylabel("anomaly score")
self.actualPredictValueGraph.set_ylabel("value")
# configure the anomaly value table.
self.anomalyValueTableColumnsName = ["timestamp", "actual value", "expect value", "anomaly score"]
self.anomalyValueTable.text(0.05, 0.99, "Anomaly Value Table", size=12)
self.anomalyValueTable.set_xticks([])
self.anomalyValueTable.set_yticks([])
# axis format.
self.dateFormat = DateFormatter("%m/%d %H:%M")
self.actualPredictValueGraph.xaxis.set_major_formatter(ticker.FuncFormatter(self.dateFormat))
self.anomalyScoreGraph.xaxis.set_major_formatter(ticker.FuncFormatter(self.dateFormat))
# define the output method.
def anomalyDetectionPlot(self, timestamp, actualValue, predictValue, anomalyScore):
# update the plot value of the graph.
self.timestamp.append(timestamp)
self.actualValue.append(actualValue)
self.predictValue.append(predictValue)
self.anomalyScore.append(anomalyScore)
# update the x/y range.
self.timestampRange = [min(self.timestamp), max(self.timestamp)+datetime.timedelta(minutes=10)]
self.actualValueRange = [min(self.actualValue), max(self.actualValue)+1]
self.predictValueRange = [min(self.predictValue), max(self.predictValue)+1]
# update the x/y axis limits
self.actualPredictValueGraph.set_ylim(
min(self.actualValueRange[0], self.predictValueRange[0]),
max(self.actualValueRange[1], self.predictValueRange[1])
)
self.actualPredictValueGraph.set_xlim(
self.timestampRange[1] - datetime.timedelta(days=1),
self.timestampRange[1]
)
self.anomalyScoreGraph.set_xlim(
self.timestampRange[1]- datetime.timedelta(days=1),
self.timestampRange[1]
)
self.anomalyScoreGraph.set_ylim(
self.anomalyScoreRange[0],
self.anomalyScoreRange[1]
)
# update the two lines of the actualPredictValueGraph.
self.actualLine.set_xdata(self.timestamp)
self.actualLine.set_ydata(self.actualValue)
self.predictLine.set_xdata(self.timestamp)
self.predictLine.set_ydata(self.predictValue)
# update the line of the anomalyScoreGraph.
self.anomalyScoreLine.set_xdata(self.timestamp)
self.anomalyScoreLine.set_ydata(self.anomalyScore)
# update the scatter.
if anomalyScore >= 0.8:
self.anomalyScatterX.append(timestamp)
self.anomalyScatterY.append(actualValue)
self.actualPredictValueGraph.scatter(
self.anomalyScatterX,
self.anomalyScatterY,
s=50,
color="black"
)
# update the highlight of the anomalyScoreGraph.
if anomalyScore >= 0.8:
self.highlightList.append(timestamp)
self.highlightListTurnOn = True
else:
self.highlightListTurnOn = False
if len(self.highlightList) != 0 and self.highlightListTurnOn is False:
self.anomalyScoreGraph.axvspan(
self.highlightList[0] - datetime.timedelta(minutes=10),
self.highlightList[-1] + datetime.timedelta(minutes=10),
color="r",
edgecolor=None,
alpha=0.2
)
self.highlightList = []
self.highlightListTurnOn = True
# update the anomaly value table.
if anomalyScore >= 0.8:
# remove the table and then replot it
self.anomalyValueTable.remove()
self.anomalyValueTable = fig.add_axes([0.8, 0.1, 0.2, 0.8], frameon=False)
self.anomalyValueTableColumnsName = ["timestamp", "actual value", "expect value", "anomaly score"]
self.anomalyValueTable.text(0.05, 0.99, "Anomaly Value Table", size=12)
self.anomalyValueTable.set_xticks([])
self.anomalyValueTable.set_yticks([])
self.tableValue.append([
timestamp.strftime("%Y-%m-%d %H:%M:%S"),
actualValue,
predictValue,
anomalyScore
])
if len(self.tableValue) >= 40: self.tableValue.pop(0)
self.anomalyValueTable.table(cellText=self.tableValue,
colWidths=[0.35] * 4,
colLabels=self.anomalyValueTableColumnsName,
loc=1,
cellLoc="center"
)
# plot pause 0.0001 second and then plot the next one.
plt.pause(0.0001)
plt.draw()
def close(self):
plt.ioff()
plt.show()
下面是ion版本的调用：
graph = stream_detection_plot.streamDetectionPlot()
graph.initPlot()
for i in xrange(len(timestamp)):
graph.anomalyDetectionPlot(timestamp[i],value_a[i],predict_a[i],anomalyScore_a[i])
graph.close()具体为实例化类，初始化图形，传入数据作图，关掉。
大概就是这样，有什么不对多指出，谢谢~
以上是关于可视化篇：流式数据监控（python）的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章