如何通过GEO数据挖掘做出一篇生信文章

Posted 2021-04-27 小张聊科研

目前，从现有数据库挖掘数据进行分析是一个热门领域，生信数据挖掘是直接从现有的数据库挖掘数据进行分析，不用做实验就可以得到一篇生信文章所需要的数据，这个听起来就很有诱惑力。GEO作为生信数据挖掘最常用的公共数据库之一，储存了海量的芯片和二代测序数据，它就像一座宝藏，等待我们去发掘它们的价值，让它们发出光芒。

R语言是一件非常实用并且功能强大的科研分析工具，在平时的科研工作中，即使只达到初级水平，它也可以帮助我们处理excel图表数据，做统计分析，还可以快速做出精美的图片，而这需要的可能仅仅是几行代码。与一些软件相比，R语言更加灵活，不需要套用死板的格式。在GEO数据挖掘中，R语言永远是那把最坚韧的利剑。

小张聊科研“实用数据挖掘与案例实操班”自开班以来，收到了很多好评，很多学员反映这个课带领他们进入了生信分析的大门，并且也已经有学员上过我们的培训班之后发了文章，我们深感欣慰。

2019年，是新的开始，我们吸纳了学员的一些建议，在原有课程基础上进行进一步的优化，推出“GEO数据挖掘与案例实操班”。本课程立足文章实例，通过GEO实例数据，快速掌握数据分析技巧；梳理发文套路，以实际SCI论文为案例，教你用“别人的”数据，发“自己的”文章；入门R语言，掌握一门重要的科研工具。

上海班现场

北京班现场

广州班现场

课程特点

资深讲师，丰富的项目经验和授课经验；

理论+上机操作，数据挖掘轻松carry；

一次学习终生受用，享受课堂面对面教授；

课上实时与老师交流，有问题当场解决；

内容丰富，数据挖掘与科研绘图合理搭配的精美套餐；

实例操作，让你快速掌握数据挖掘套路。

老师讲课深入浅出，思路清晰易懂，零基础可参加，带您进入生信分析大门；

 

听完课后我们能达到什么样的程度

1、学会R语言的基本语法

2、学会如何在GEO上检索与我们课题相关的数据

3、如何从GEO上下载我们所需要的数据

4、如何用R语言分析这些数据并作出完成一篇文章所需要的图

5、理清GEO数据挖掘文章的思路，掌握发文套路

 

课程内容主线

第一天上午：学习R语言基本语法

第一天下午：从GEO下载原始数据并处理

第二天上午：从处理后数据纵向扩展和横向分析

第二天下午：利用处理后数据绘图、介绍文章套路和实战演练

 

主讲人

小张聊科研团队的资深学术讲师，近十年从事生物信息学和医学相关研究，致力于医学大数据挖掘和软件开发。参与发表十余篇高分SCI文章，并参与“十二五”、“十三五”、863、973重大项目等多项国家级项目的数据分析工作。

 

适合人群

广大临床/科研工作者，研究生，零基础也可以参加

 

授课信息

课程表：

第一天
8:00-9:00	报道，领取资料
9:00-12:00	数据挖掘介绍及R语言基础
	数据挖掘与生物信息简介
	R语言与数据挖掘 （R语言基本语法、函数、循环、包及实例练习）
12:00-13:00	午休
13:00-17:00	GEO实例练习（From Raw data  to Clean data）
	GEO简介与在线分析练习 （芯片基础原理，GEO的组成框架，GEO2R差异基因筛选，聚类热图）
	GEO数据下载实例练习 （实际数据下载，FTP批量下载）
	GEO数据处理 （Affymetrix, Agilent, Illumina三大芯片平台原始数据处理，差异表达分析）
17:00-17:30	学员提问及讨论
第二天
9:00-12:00	表达谱数据挖掘实战（From Clean data to Results）
	数据分析纵向剖析 （层次聚类，主成分分析，功能富集分析，分子网络构建）
	数据分析横向扩展 （uniprot，miRDB, hTFtarget，GeneCards，UCSC基因功能及调控机制分析等）
12:00-13:00	午休
13:00-17:00	SCI实用绘图技巧（From Results to Artwork）
	R语言与统计绘图 （R语言绘图系统介绍，点线图、柱形图、箱线图等常规图形制作，气泡图、火山图制作）
	数据挖掘套路解读 （从文献实例出发，剖析生物信息数据挖掘套路，带你轻松发文）
	实战演练 （分小组竞赛练习，重现一篇SCI文章的数据分析结果）
17:00-17：30	学员提问及讨论

注：

1、实际授课过程中，老师可能根据学员学习速度对课程进行微调。

2、请学员自带电脑，mac或者windows系统的笔记本（请勿使用XP系统，推荐win10），老师用win10系统进行讲解。

3、本次课程以R语言为核心，贯穿整个课程。

 

地点： 广州（具体地点会前两周通知）

时间： 2019年2月23-24日（报名截止日为2月21日）

注册费（可开发票）：

2月15日前	2月16日至21日
3000	3200

二人组团报名，每人可优惠100元

三人组团报名，每人可优惠200元

五人组团报名，每人可优惠300元

注：

1、考虑到学员要提前下载资料并安装软件，因此报名截止日为2019年2月21日

2、本次学习班提供两天的午餐，其余食宿费用自理

 

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