收藏|常用linux命令大全

Posted 2021-04-27 生信人

命 令：man

功能说明：查询命令用法

语 法：man <command>

Example ：man ls 查询ls 命令的用法

1. 目录和文件管理

1.1目录相关

1.1.1 mkdir

功能说明：建立目录

语 法：mkdir [-p] <dir1 [dir2 …]>

参 数：-p 若所要建立目录的上层目录目前尚未建立，则会一并建立上层目录。

Example ：mkdirtestdir

mkdir -p newdir/childdir

1.1.2 rmdir

功能说明：删除（空）目录

补充说明：该命令只能删除空目录，若要删除非空目录，请使用rm –r dirname

语 法：rmdir [-p] <dir1 [dir2…]>

参 数：-p删除指定目录后，若该目录的上层目录已变成空目录，则将其一并删除。

Example ：rmdirtestdir

rmdir -p childdir

1.1.3 ls

功能说明：列出目录内容

语 法：ls [-alhtr]<file/dirname>

参 数：-a 显示目录下所有文件和目录（显示隐藏文件和目录）。

-l 显示文件/目录详细信息，每行显示一个文件/目录。

-h 文件大小按’K’，’M’，’G’，来显示（需要加 -l 参数）。

-t 用文件和目录的更改时间排序。

-r 反向排序

Example ：ls -a dirname

ls -lh dirname

ls -ltr dirname

补充说明：ll 并不是linux 下的基本命令，实际上是ls–l 的一个别名（缩写），别名可在~/.bashrc中使用alias定义，

如alias ll=’ls –l’

1.1.4 cd

功能说明：切换目录

语 法：cd <dirname>

Example ：cd /path/dirname/

特殊例子：cd / 转换到根目录

cd ~ 转换到家目录（即/home/yourname/）

cd ../ 转换到上一级目录

cd - 转换到上一次cd前所在的目录

1.1.5 pwd

功能说明：显示工作目录绝对路径

语 法：pwd

Example ：pwd

特殊目录的表示：

/ 根目录

~ 家目录

./ 当前目录

../ 上一级目录

特殊说明：linux 下以”.”开头的文件名为隐藏文件，使用ls -a时才会显示

1.2 文件处理

1.2.1 touch

功能说明：创建一个空文件或者更改文件修改时间

语 法：touch <filename>

Example ：touchnewfile 创建一个名为newfile的空文件

1.2.2 cp

功能说明：复制文件或目录

语 法：cp [-r] <source file/dirname> < destination file/dirname>

参 数：-r/-R 将一个目录及目录内所有文件复制到另一个目录

Example ：cp file1file2 将file1复制并重命名为file2

cp file1 file2 dirname/ 将file1，file2复制到一个目录下

cp -r dir1 dir2 若dir2已存在，dir1复制到dir2下，若不存在，dir1复制并重命名为dir2

1.2.3 mv

功能说明：移动或更名现有的文件或目录。

语 法：mv <source file/dirname> < destinationfile/dirname>

Example ：mv file1file2 将file1重命名为file2

mv file1 file2 dirname/ 将file1，file2移动到dirname/目录下

mv dir1 dir2 若目录dir2已存在，dir1移动到dir2下，若dir2不存在，dir1移动并重命名为dir2

1.2.4 rm

功能说明：删除目录或文件

语 法：rm [-r] <file1/dir1 [file2/dir2 …]>

参 数：-r/-R 删除目录和该目录下的所有文件

Example ：rm file1 [file2 …] 删除file1[file2 …]

rm -r dir1 [dir2 …] 删除dir1 [dir2 …] 目录及目录下所有文件

1.2.5 less

功能说明：查看文件内容

语 法：less [-SN] <file1 [file2 …]>

参 数：-S 每行不显示长于屏幕宽度的字符（默认显示在下一行）

-N 显示行号

Example ：less -S file

less -SN file

补充说明：使用less 打开文件后，使用ctrl+u向上翻页，ctrl+d向下翻页，/pattern可以进行向下匹配查找，?pattern

可以进行向上匹配查找。使用“q”退出。

1.2.6 more

功能说明：显示文件内容

语 法：more <file1 [file2…]>

Example ：more file

补充说明：使用more 显示文件内容后，使用空格键“space”向下翻页，使用“q”退出

1.2.7 head

功能说明：显示文件开头部分

语 法：head [-n] <file1 [file2…]>

参 数：-n <number> 显示文件头number行的内容（默认显示头10行）

Example ：headfile 显示file文件的头10行的内容

head -n 100 file 显示file文件头100行的内容

1.2.8 tail

功能说明：显示文件末尾部分

语 法：tail [-n] <file1 [file2…]>

参 数：-n <number> 显示文件末尾number行的内容（默认显示末尾10行）

Example ：tail file 显示file文件的末尾10行的内容

tail -n 100 file 显示file文件末尾100行的内容

1.2.9 cut

功能说明：显示文件每行指定范围的字符

语 法：cut [-cdf] <file>

参 数：-c num1-num2，显示每行从开头算起第num1到num2的字符

-d 指定域分割符，默认“\t”

-f num1-num2，显示每行从开头算起第num1到num2的域

Example ：cut -c 1-10 file 显示文件file每行开头的10个字符

cut -f 1-10 file 显示文件file每行开头10列（以“\t”分割）

cut -d “ ” -f 2 显示文件file第二列（以空格分割）

1.2.10 cat

功能说明：将文件连接后显示到标准输出（或使用“>”重定向到其他文件）

语 法：cat [-n] <file [file2…]> [> newfile]

参 数：-n 在文件内容前加行号显示

Example ：catfile 将file文件的内容显示到屏幕。

cat -n file > newfile 将file内容加行号后重定向到newfile中。

cat file1 file2 > newfile 将file1和file2的内容重定向到newfile。

cat file1 file2 >> file 将file1和file2的内容追加到file文件的末尾。

cat > file

new word

生成file文件并将“new word”添加到文件中。

1.2.11 ln

功能说明：链接目录或文件

语 法：ln [-s] <source file/dirname> [file/dirname]

参 数：-s 对目标文件进行符号链接而非硬链接

Example ：ln -s file1 file2 将file1链接为file2（注：file2必须不存在）

ln -s file1 file2 dirname/ 将file1和file2链接到dirname/下

1.3 压缩解压缩

1.3.1 tar

功能说明：加入或还原备份文件内的文件

语 法：tar -f[cxzjv] <file>

参 数：-f 必加参数

-c 创建备份文件

-x 从备份文件中还原文件

-z 调用gzip/gunzip来压缩/解压缩文件

-j 调用bzip2/bunzip2来压缩/解压缩文件

-v 显示命令执行过程

Example ：tar -cf newfile.tar file1 file2 将file1，file2文件打包到newfile.tar

tar -xf newfile.tar 提取newfile.tar中的文件

tar -czvf newfile.tar.gz file1 file2 将file1，file2文件打包并调用gzip程序将文件压缩为newfile.tar.gz

tar -xzvf newfile.tar.gz 将newfile.tar.gz文件解压并提取里边的文件

1.3.2 zip

功能说明：压缩并生成“.zip”结尾的文件

语 法：zip [-1..9][-r] <newfile.zip> <sourcefile/dir>

参 数：-r 将子目录下所有文件和目录一并处理

-1..9 压缩效率，数值越大，压缩效率越高

Example ：zipnewfile.zip file1 file2 将file1，file2进行压缩到newfile.zip内

解压方式：使用unzip进行解压，unzip newfile.zip

1.3.3 gzip

功能说明：压缩并生成“.gz”结尾的文件

语 法：gzip [-1..9][-r] <file/dirname>

参 数：-r 对目录下的文件进行压缩，但不会对目录进行压缩

-1..9 压缩效率，数值越大，压缩效率越高（默认6）

Example ：gzip file 将file压缩为file.gz并删除源文件

解压方式：使用gunzip进行解压，gunzip file.gz

1.3.4 bzip2

功能说明：压缩并生成“.bz2”结尾的文件

语 法：bzip2 <file>

Example ：bzip2 file 将file压缩为file.bz2并删除源文件

解压方式：使用bunzip2进行解压，bunzip2file.bz2

1.4数据统计与处理

1.4.1 sort

功能说明：将文本文件内容进行排序

语 法：sort [-nkr]<filename>

参 数：-n/-g 将文件按数值大小从小到大排序（默认按ascii码从小到大排序）

-k <num> 按第num列内容对文件排序（默认按第一列）

-r 反向排序

Example ：sort file 对file文件按第一列内容ascii码值从小到大排序并输出。

sort -n -k 3 file 对file文件按第3列内容数值大小从小到大排序。

sort -nr -k1,2 file 对file文件按数值大小反向排序，优先考虑第一列，再考虑第二列

1.4.2 uniq

功能说明：合并文件中相邻的相同的行

语 法：uniq [-cd] <file> [outfile]

参 数：-c 在每行第一列显示该行重复次数

-d 仅显示有重复的行

Example ：uniq -c file 合并相同的行，并统计每行重复次数，输出到屏幕

uniq -d file outfile 合并相同的行，并显示file中有重复出现的行，输出到outfile文件中

1.4.3 wc

功能说明：统计文件中字节数

语 法：wc [-cwl] <file>

参 数：-c 只统计字节数/Bytes数

-w 只统计字数（单词数）

-l 只统计行数

Example ：wcfile 显示文件file的字节数，字数，行数

wc -l file 显示文件file的行数

1.4.4 grep

功能说明：查找文件中符合条件的行

语 法：grep [-v] <string> <file>

参 数：-v 不匹配，显示文件中不匹配string的行

Example ：grep world file 查找文件中含有“world”的行

grep -v world file 查找文件中不含有“world”的行

1.4.5 awk

功能说明：对特定的行中特定的列进行操作

语 法：awk [-F] ‘(condition){operate}’ <filename>

参 数：-F 指定列的分割符，可以使任意字符，默认按空白分割

Example ：awk -F “:” ‘{print $1}’ 按“：”来分割并打印出第一列

awk ‘($1 > 100){print $0}’ 对第一列大于100的行整行输出

awk ‘($1 > 100){print $1”\t”$2}’ 对第一列大于100的行输出第一列和第二列的结果并以“\t”分割。

awk ‘($3~/world/){ x+= $1}END{print x}’ 对第三列匹配“world”的行的第一列求和，全部处理完之后输

出结果x的值

1.4.6 sed

功能说明：文本处理并可对文件进行编辑

语 法：sed [-i] '{command}' <filename>

参 数：-i 直接在原文件中修改（默认修改后屏幕输出，原文件不变）

Example ：sed -i ‘s/test/new_word/’ file 将file文件中的test字符替换为new_word

sed -i ‘/pattern/ s/ test/new_word/’ file 将file文件中匹配pattern字串的行进行替换操作

sed -i ‘/^$/ d’ file 将文件file中的空白行删除（d）

1.5.1 md5sum

功能说明：验证文件传输的完整性

语 法：md5sum [-c] <filename>

参 数：-c 校验文件传输后是否完整

Example ：md5sumfile1 对file1文件生成md5值。

md5sum file1 > newfile 对file1文件生成md5值并重定向到newfile中。

md5sum -c newfile 检验newfile中文件的md5值是否和文件一致。

1.5.2 chmod

功能说明：设置文件或目录权限

语 法：chmod [-R] <mode> <file/dirname>

参 数：-R 对目录和目录下所有文件均设置权限

详细说明：文件权限分为是否可读(r)、是否可写(w)、是否可执行(x)3种，同时对应档案拥有者(u)、同组成员(g)、其

他成员(o)3种。mode分为符号模式和数值模式。

符号模式：[ugoa] [+-=] [rwx]

数值模式：用1/0表示，则111表示可读可写可执行，000表示不可读不可写不可执行，可读可写可执行

分别对应10进制的4,2,1，则5表示可读不可写可执行。

Example ：chmod u+xg=rx o-rwx file 对file 文件用户自身增加可执行权限，同组成员权限设置为可读可写，

对其他成员移除rwx权限。

chmod a-w file 对file文件所有成员移除可写权限。

chmod -R 750 dirname 对dirname目录及其下所有文件权限设置为用户自身可读可写可执行，同组

成员可读可执行，其他成员无权限。

1.5.3 find

功能说明：查找文件

语 法：find [path] [expression]

详细说明：path 在path路径下进行查找

expression 查找模式，常用的有

-name <filename> 按文件名查找（文件名允许通配符）

-perm <mode> 按文件权限查找

-user <user name> 按文件所有者查找

-group <group name> 按文件所在组查找

-mtime <+n/-n> 按文件更改时间查找，-n表示更改时间距现在n天以内，+n表示距现

在n天以外

-type <l/d/f> 按文件类型查找，l：符号链接文件，f：普通文件，d：目录文件

Example ：find./ -name file 在当前目录及其子目录下查找文件名为file的文件

find ./ -name ‘*a’ -type d 寻找文件名以a结尾的目录文件。

1.5.4 du

功能说明：显示目录或文件的大小

语 法：du [-ash] [--max-depth=<n>] <file/dirname>

参 数：-a 显示目录中个别文件大小

-s 只显示总计

-h 以“K” ，“M” ，“G”为单位显示

--max-depth=<n> 只显示n层目录以内的文件

Example ：du -sh ./ 显示当前目录的大小

du -ah --max-depth=1 dir 显示dir目录下所有文件大小，不包括下一级目录

2 进程管理

2.1进程查看

2.1.1ps

功能说明：显示用户进程

语 法：ps x [-u <usrname>]

参 数：-u <usrname> 显示usr用户的进程（默认显示自身用户进程）

Example ：ps x

2.1.2top

功能说明：显示用户进程（实时）

语 法：top [-bcdu]

参 数：-b 批处理模式，可以将top内容重定向到文件中

-c 显示详细信息

-d <n> 刷新时间间隔，n秒刷新一次

-u <usrname> 只显示usr用户的进程

Example ：top

top -c -u usr

2.1.3jobs

功能说明：显示后台任务（当前节点，当前窗口）

语 法：jobs [-l]

参 数：-l 显示任务进程ID

Example ：jobs

jobs -l

2.2进程控制

2.2.1 kill

功能说明：删除或控制执行中的进程

语 法：kill [-num] <PID> [-l]

参 数：-num 通过num传递一个信号控制进程（默认15，终止进程），常用值如下

-9 强制删除进程

-19 暂停一个进程（使之处于T状态）

-18 继续暂停的进程

-l 显示信号列表

Example ：kill28004 终止进程号为28004的进程

kill -9 28004 强制删除进程号为28004的进程

kill -19 28004 暂停进程号为28004的进程

kill -18 28004 继续进程号为28004的进程

kill -l 显示信号列表

2.2.2 fg

功能说明：将后台进程转换到前台

语 法：fg [%num]

参 数：%num 将编号为num的后台任务转换到前台，num由jobs 命令得到。

Example ：fg 将最近的一个转后台的任务转为前台

fg %2 将编号为2的后台任务转到前台

2.2.3 bg

功能说明：将前台任务转为后台（需先用ctrl+z暂停任务），或者继续后台暂停的任务

语 法：bg [%num]

参 数：%num 将编号为num的后台暂停任务继续。

Example ：ctrl+z， bg

bg %2 将编号为2的后台暂停任务继续。

3.其他

3.1 history

功能说明：查询该节点上执行过的历史命令

语 法：history

Example ：history

3.2 nohup

功能说明：加到命令前使得该命令在用户退出登录后也能继续执行

特殊说明：一般与转后台’&’一起使用，屏幕输出默认重定向到nohup.out文件中

Example ：nohup perl test.pl &

3.3 转后台 &

功能说明：加到命令结尾，使该命令在后台运行

Example ：cp file1file2 & 后台执行拷贝命令

3.4 重定向 >

功能说明：将标准输出内容重定向到文件中

相关符号：>> 表示将内容追加到文件末尾。

Example ：ls dir > dir_list 显示dir目录下的文件并将内容输出到dir_list文件中，若dir_list文件存在，则会被清

空，若不纯在，将创建。

ls dir >> dir_list 显示dir目录下的文件并将内容追加到dir_list文件中，若dir_list文件存在，内容追

加到文件末尾，若不纯在，将创建。

3.5 管道符 |

功能说明：将”|”前一部分的输出作为”|”后一部分的输入

语 法：command1 | command2

Example ：less file1| grep world | awk ‘{print $1}’ 显示file1的内容，将带有world的行输出，打印该行的第一列

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