常用Linux命令

Posted 2021-04-27 力基因学堂

Linux系统主要使用终端命令进行任务处理，不像Windows那样用鼠标操作方便，比如新建个文件夹，鼠标右击，新建文件夹即可。Linux命令让初学者很不适应，但一旦熟练掌握linux命令，可以非常高效完成分析任务。作为初学者，我们只需要使用一些常用命令就可以完成日常操作。下面逐一介绍几个常用的Linux命令。

Linux命令的基本格式：COMMAND [OPTIONS…] [ARGUMENTS…]
   COMMAND：命令(或可执行程序)，如ls
   OPTIONS：可选参数（前面带“-”），多个选项可以组合使用，如ls -al
   ARGUMENTS：命令的作用对象(路径或文件),如ls -al /home

可以通过命令man查看各个命令的用法与参数等，如man ls。

1. ls - 列出文件与目录(list)

ls命令能够显示当前目录下的内容。

$ls    #列出当前所在目录下的所有可见文件
$ls -l    #想要列出详细信息（文件名，大小，访问权，所有者）可以用:
$ls -a    #想要列出所有文件，包括隐藏文件(开头为"."的文件)
$ls -al /home    #列出home目录的所有文件
$ls -lh    #文件大小按“K”，“M”，“G”等human readable格式来显示
$ls -ltr     #按时间反序显示

2. cd - 改变当前目录(Change Directory)

只要在cd命令后输入要切换的目录，可以是绝对路径，也可以是相对路径。

$cd /usr/local/   #切换到目录/usr/local/ (绝对路径)
$cd  dir1/    #切换到当前目录下的路径dir1(相对路径)
$cd ~    #代表当前登录用户的home目录；
$cd ..    #改变到上层目录(..)； . 代表当前目录；
$cd -     #代表进入上一级操作目录

3. pwd - 查看当前所在的目录 (print work directory)

$ pwd    #查看当前路径

4. cp - 复制文件(copy)

$cp file1 dir1/         #把file1文件复制到dir1目录
$cp file1 dir1/file2    #复制文件file1到目录dir1，并重命名为file2
$cp -r dir1/  dir2/    #复制目录，若dir2已经存在，dir1复制到dir2目录下，若不存在，dir1复制并重命名为dir2

5. mv - 移动文件、文件夹（目录）或改名 (move)

$mv file1 file2    #把文件file1重命名为file2
$mv dir1/  dir2/    #复制目录，若dir2已经存在，dir1移动到dir2目录下，若不存在，dir1重命名为dir2

6. rm - 删除文件或目录 (remove)

$rm test.txt    #删除文件test.txt
$rm -r dir1/     #删除目录dir1（含有子目录或文件都可以删掉）
$rm -rf dir1/        #不会提示是否删除，直接删掉

7. mkdir - 创建目录 (make directory)

使用“-p”参数可同时创建多级目录。相反，rmdir删除空目录。

$mkdir testdir    #在目录下创建testdir目录
$mdir -p newdir/testdir    #在目录下创建newdir目录和子目录testdir

8. cat - 显示文档内容(catenate)

该命令后接要查看的文件名，可利用该命令合并文件。

$cat /etc/passwd    #显示系统文件passwd
$cat file1 file2 > file #将file1和file2的内容合并到file中

9. less - 查看文件内容

使用less打开文件后，可以用“q”退出，”f”与“b”翻页，“j”与”k”可以上下移动内容，“/pattern”来向后查找pattern,“?pattern”来向前查找pattern。

$less file1    #显示文件file1
$less -S file1    #每行不显示长于屏幕宽度的字符（默认显示于下一行）

10. echo - 在终端上显示字符串

$echo "Hello Linux"  
$echo $PATH        #显示环境变量PATH的值
$echo -e "chr\t100\n"     #参数-e可以显示转义符，\t: 水平制表符，\n: 换行符

11. tar - 文件的打包、压缩和解压 (tape archive)

$tar -czvf files.tar.gz file1 file2    #打包两个文件并压缩至文件files.tar.gz
$tar -xzvf files.tar.gz            #解压缩文件files.tar.gz
参数说明：
-f = the file to extract/compress #必加参数
-x = 解压缩(extract)
-c = 新建打包文件(compress)
-z = 调用gzip或gunzip来压缩或解压缩文件
-v = be verbose(显示更多信息).

12. find - 查找文件

该命令的基本格式为: find [PATH] [options]，即在某路径下查找某文件。

$find /opt -name "*.txt"        #在opt目录下查找以txt结尾的文件
$find . -type f -name "*.fasta"    #列出当前目录(.)下所有FASTA文件（包括子目录）
参数说明：
-type f: 只显示文档，不显示目录

13. touch: 新建文本文件

$touch new_file.txt    #创建文件new_file.txt

14. top: 查看进程

top命令可查看进程ID(PID)，CPU、内存占用等信息。“q”键退出。

$top    #显示系统当前进程信息

15. kill: 结束进程

命令格式为：kill [-num] PID (进程ID)

$kill -9 78101    #杀死进程号为78101的进程
参数说明：
-9：强制杀死进程，不返回信息