使用Cytoscape的NetworkAnalyzer工具计算网络相关属性

Posted 2021-04-26 生信修炼手册

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在之前的文章中，介绍过igraph工具，可以通过编程处理网络数据，该工具使用与大规模，大批量数据的处理。如果只是偶尔需要分析下网络数据，采用cytoscape这种图形界面工具更加的简单便捷。

cytoscape相信很多人都用过，通常都是用来进行网络的可视化，对于分析网络的基本拓扑属性，比如计算clustering coefficient值等，在cytoscape中也可以方便的得到。

在cytoscape3.0版本以后，集成了NetworkAnalyzer工具，这个工具可以方便的计算常用的拓扑属性。通过Tools->NetworkAnalyzer可以打开该工具，分析的结果会在右侧的结果面板显示，常用的结果展示如下

1. Simple Parameter

会给出网络的clustering coefficient，density等值，示意如下

2. Node Degree Distribution

对于一个scale-free network 而言，节点的度数分布符合幂律分布，该部分可以估计出对应的系数

3. Shorest Path Length Distribution

由于真实网络的small-world effect效用，network中的最短路径的值都非常小，从下图也可以看出，最大为7

4. Betweenness Centrality

5. Closeness Centrality

除此之外，还有很多图论中专属的描述网络的一些特征和属性，就不一一展示了。通过NetworkAnalyzer工具， 可以快速得到常见的network基本属性。

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