BIQ-Analyzer: 脱氧核糖核酸可视化和质量控制工具

Posted 2021-04-26 生物医学软件与数据库助手

由于很少有软件工具可以支持DNA甲基化研究，来自于德国的科研工作者开发了BIQ-Analyzer。BiQ分析仪直接从序列发生器导入序列文件，无需任何人工干预，并协助用户进行所有的校准和质量控制步骤。其次，BiQ分析仪不仅可以计算汇总统计数据，还可以完整详细地导出甲基化数据，并且可以轻松地将其导入任何统计数据包或数据表程序。此外，BiQ分析仪支持标准化的实验文件。最后，BiQ分析仪提供了一个交互式图形界面，指导用户进行质量控制，并对有问题的序列给出连续的反馈。

该研究成果于2005年在线发表【1】

欲知BIQ-Analyzer详情，点击网址

https://biq-analyzer.bioinf.mpi-inf.mpg.de

（点击阅读原文转到BIQ-Analyzer主页）

瞧一瞧“牌面”

1.运行程序

当BiQ-Analyzer程序正确安装后出现以下界面。

2.工具主界面

2.1序列导入

选择经过亚硫酸氢盐转换和测序的原始序列文件。这些文件必须是FASTA格式。它们应该具有与基因组序列相同的方向，如果它们不包含任何引物(尽管两者都可以在以后进行调整)，这将是有帮助的。每个文件必须只包含一个序列，不可能从一个文件中导入多个序列。此外，所有序列必须位于同一个目录中。

2.2等待界面

当前期操作无误，接下来将会出现上图所示界面。首先，你选择的序列会出现在左边。其次，会出现一个简短的对话框，指示程序当前正忙于比对计算。请小主们耐心等待，直到完成。一般不会超过半分钟，但是如果使用大量的序列(>20)，则等待时间会变长。

2.3质量控制过程

（1）反向序列修正

仔细查看比对，并检查与基因组序列相比，是否有任何序列是反向的。该过程将帮助用户进行自动分析，突出显示与基因组序列不一致的序列或序列组。但是，如果不计算新的对齐方式，它就不能评估反向补码是否更合适，所以一定要根据程序的建议来决断。

（2）错误移除

删除所有序列与不可接受的低转化率或高数量的排序错误从比对序列中。这一步对于确保高数据质量是必要的。

（3）移除克隆序列

检查克隆的多重序列比对，即可能来自同一细胞的同一染色体的序列。这些序列是所有基于其甲基化数据的统计分析的潜在威胁。该程序将所有序列解释为在基因组序列的所有碱基C位置一致的克隆。然后，建议从每组克隆序列中排除除一个以外的所有序列。

（4）手动校验

在完成之前的质量控制步骤后，用户需进行手动验证校准。这是一个重要的步骤，应该认真对待，以确保高数据质量。

2.4数据结果导出

（1）运行结果

（2）结果导出

点击导出结果，程序显示一个实验文档调查表，帮助用户正确地记录结果。

（3）结果保存

选择保存位置进行保存，程序会将分析结果导出到单个文档html文件中，该文件包含:问卷、关于实验的一些基本数据、未转换和转换的基因组序列、最终的多重序列比对，以及甲基化模式的棒棒糖样式图。

写在最后：有关 脱氧核糖核酸可视化和质量控制工具——BIQ-Analyzer的介绍就到此为止啦！小主们找个时间下载一个，然后去操作一下也是极好的！工具真的很棒哦！

参考文献

【1】Bock, C., Reither, S., Mikeska, T., Paulsen, M., Walter, J., & Lengauer, T. (2005). BiQ Analyzer: visualization and quality control for DNA methylation data from bisulfite sequencing. Bioinformatics, 21(21), 4067–4068. doi:10.1093/bioinformatics/bti652.

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