新手如何在 Ubuntu下安装并行版的LAMMPS

Posted 2021-04-25 lammps日记

官网上有ubuntu系统下的预编译版，但完全不推荐。
因为LAMMPS包含的包很多，不需要所有的都安装上。全部安装会在一定程度上会影响到计算效率。

在任何类Unix操作系统下安装软件，主要都可以分为一下几个步骤：
1.检查依赖包 
2.安装没有的依赖包
3.按说明安装软件，并设置路径

下面我们就给大家具体介绍一下安装步骤： 

1. 首先检查下依赖包：在命令行下 用 which命令进行检查是否存在。
执行： which gcc ; which g++; which mpirun; which mpic++; which gfortran等。Fftw，jpeg,png等库要到/usr/include下查看有没有fftw3等相应的头文件。 有了就不需要再次安装，没有就需要先安装上。

如何查看Ubuntu下安装LAMMPS并行版需要安装必要的依赖包？
到lammps源程序下的src/MAKE/MACHINES下找到Makefile.mpi文件； 
用文本浏览软件打开它（命令行也行，比如 less Makefile.mpi）。
前10行有依赖包的介绍。 

2016版的依赖包是：
# ubuntu = Ubuntu Linux box, g++, openmpi, FFTW3

# you have to install the packages g++, mpi-default-bin, mpi-default-dev,
# libfftw3-dev, libjpeg-dev and libpng12-dev to compile LAMMPS with this
# makefile
包含，g++编译器，若安装user发展的包，可能还需要用到gfortran编译器； 并行包，mpi编译器，fftw库，图片打印输出库等。

2. 假如1.中的依赖包都没有（重复安装无所谓），可以按顺序执行下面命令： 
【这些安装要su root下；LAMMPS安装不需要root权限】
a) apt-get install gcc*
b) apt-get install g++*
c) apt-get install mpi-default-*
d) apt-get install libfftw3*
e) apt-get install libjpeg-*
f) apt-get install libpng12-*
确保以上的库都安装上，安装过程中可以看到是否已经装上，如果没有，窗口会等待输入 yes

3. 上面依赖包安装好后，进入到 lammps/src/MAKE下，把MACHINES下的 Makefile.mpi文件 复制到 MAKE下，此时，MAKE下还有 .mpi, .serial两个Makefile文件。

4. 到src下执行make package-status查看有哪些包是yes态和no态；yes表示安装，no表示不安装。用make yes-包名或make no-包名， 加载，或者取消安装的包，选择必须的包即可。

5. 进入src下执行 make mpi命令，等待安装； 安装结束后，会生成一个lmp_mpi可执行程序，这个就是你要的了

6. 在家目录下（例如/home/mjl），执行mkdir bin建一个bin文件夹，并把lmp_mpi复制到此文件夹下； 然后 cd 到 家目录 vi .bashrc 文件。在此文件的最后一行 加入 export PATH=/home/mjl/bin:$PATH;保存并 source .bashrc。 最新执行 which lmp_mpi查看下是不是可以找到路径。如果可以就可结束安装。


ps.如何将LAMMPS添加到环境变量？
不想在以后调用lammps求解时都得输入绝对路径，那就把它加到环境变量里吧（参考上面的添加方法）：
PATH=/home/mjl/lammps-14May16/src:$PATH ; export PATH


最后，可以cd 到 example下的例子中(比如 micelle下)，执行 lmp_mpi < in.micelle 或者 mpirun -np 2 lmp_mpi < in.micelle（并行)检查是否可以使用。

Linux下软件的安装，根本在依赖包的安装和路径的设置，这些搞定，安装不会有障碍。
大多数错误都是因为少了某些依赖包（看到那些红色的fatal error尤其可能），可以使用sudo apt-get + Baidu，可以解决大部分问题，祝大家使用愉快。