R语言批量处理植物名信息

Posted 2021-04-18 实验室科研笔记

今天发现一个不错的植物信息方面的程序包“plantlist”，主要以下几个功能：

1、批量查询植物科属，内置的数据主要来源于The Plant List网站，其中被子植物采用APGIII分类系统，同时提供维管植物每个科的编号。

2、直接生成科/属/种的列表

3、用中文名批量查询植物学名、科属、分布、海拔、在中国的IUCN等级。

4、查询学名的接受状态以及完整学名等。

需要查询的数据准备：

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安装程序包

library(devtools)#没有的话就安装install.packages("devtools")library(xlsx)#读取xlsx文件library(stringr)#安装plantlist包，在GitHub网址：https://github.com/helixcn/plantlistinstall_github("helixcn/plantlist")

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代码

直接复制黏贴就好，结果为3.csv

data <- data.frame()#简历数据框plants<-read.xlsx("植物名录.xlsx",1,header=T,encoding="UTF-8")#读取植物名录species<-plants[,1]#读取第一列for (i in 1:length(species)) {b<-CTPL(species[i])#根据植物名获取信息f<-b[,3]#根据第三列的拉丁名信息l<-"×"ifelse(is.na(f)==T,ifelse(is.na(str_count(f,l)==1)==T,g<-status(0),g<-status(f)),g<-status(f))#判断拉丁名是否为空和是否包含乘号×，包含则跳过zy <- data.frame(b,g)#数据汇总data <- rbind(data,zy)#数据框封装}write.csv(data,file="./3.csv")#导出数据文件为3.csv

其中status函数是用于判断是否为The Plant List 1.1接受名，如果不需要则代码如下：

data <- data.frame()#简历数据框plants<-read.xlsx("植物名录.xlsx",1,header=T,encoding="UTF-8")#读取植物名录species<-plants[,1]#读取第一列for (i in 1:length(species)) {b<-CTPL(species[i])#根据植物名获取信息zy <- data.frame(b)#数据汇总data <- rbind(data,zy)#数据框封装}write.csv(data,file="./3.csv")#导出数据文件为3.csv

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结果

R语言可视化分析：

详细说明可见：http://blog.sciencenet.cn/blog-255662-846673.html

参考文献:

Jinlong Zhang (2018). plantlist: Looking Up the Status of Plant Scientific Names based on The Plant List Database. R package version 0.5.3. https://github.com/helixcn/plantlist/