一文掌握R语言快速实现普通Meta分析

Posted 2021-04-18 逍遥君自习室

以前的课程里我给大家介绍了用revman、stata和CMA来进行普通meta分析，由于R现在的应用越来越多，有小伙伴询问怎么用R来做Meta分析，今天就给大家演示怎么用R语言来做Meta分析。

R和Rstudio的安装我这里不就介绍了，在前面的文章里有（），大家可以去回顾一下。

今天以计数资料为案例演示meta分析的过程,首先需要准备数据，在excel中按照下面的格式进行准备。

Study代表作者标签

Year代表发表年份

Tevent代表治疗组事件数

Ttotal代表治疗组总人数

Cevent代表对照组事件数

Ctotal代表对照组总人数

Dose代表药物剂量

1. 首先我们要设置工作路径：我这里设置D盘data文件夹为工作路径

setwd("D:/data")

2. 导入数据

twodata<-read.csv("D:/data/twodata.csv") #注意改成自己的路径哦

如下图导入后点击右边twodata可以看到数据导入后的表格

3.安装meta包，已经安装的忽略这一步（如果提示error可能已经安装了）

install.packages("meta")

查看是否安装可以在Rstudio右下角 Package窗口查看是否已经安装

meta包基本可以实现所有的普通meta分析，以下是Rstudio帮助菜单

?meta #查看meta包使用说明

4.加载meta包

library(meta)

5. 数据合并：二分类数据使用metabin函数（如果是连续性变量使用metacont函数，下期再说），注意R语言区分大小写

m1<-metabin(Tevent,Ttotal,Cevent,Ctotal,data=twodata,sm="OR", studlab = paste(study,year), label.e = "Intervention",label.c = "Control")

#m1只是赋值名称，可以随便指定；paste过程把"作者标签"和"发表年份"合并到一起作为纳入的研究的标签，label代表实验组和对照组的标签，注意R语言区分大小写；如果要使用RR值，只需将sm="OR"改成sm="RR"即可。

6. 查看合并结果

summary(m1)

会给出固定效应模型和随机效应模型的结果，另外还有异质性检验的结果。

7. 绘制森林图

forest(m1)

在Rstudio中右下角Plots对话框可看到绘制出的图片

点击Zoom放大可以看到完整的

可以导出为PDF在Adobe illustrator软件里进行进一步修饰

7. 绘制漏斗图

funnel(m1)

8. 进行发表偏倚Begg和egger's 检验

metabias(m1, method.bias = "rank") # begg法

metabias(m1, method.bias = "linreg") # egger法

9. 绘制拉贝图

labbe(m1)

10.绘制Galbraith图

radial(m1)

11.绘制Baujat图

baujat(m1)

12.剪补法并绘制剪补后的漏斗图

trimfill(m1)

funnel(trimfill(m1))

13. 使用随机效应模型进行累积meta并绘制森林图

metacum(m1，pooled = "random")

forest(metacum(m1，pooled = "random"))

14. 使用随机效应模型进行敏感性分析

metainf(m1, pooled = "random")

forest(metainf(m1, pooled = "random"))

14.亚组分析

m1<-metabin(Tevent,Ttotal,Cevent,Ctotal, data=twodata,sm="OR", studlab = paste(Study,Year), label.e = "Intervention",label.c = "Control", byvar = Dose)

#增加byvar=你的分组因素，我这里Dose是分组因素

forest(m1) #绘制森林图

还有meta回归这里不就演示了，大家可以去查看meta包的帮助文档。

如果对Meta分析一无所知，想了解怎么做meta分析，建议大家去听听我的课程。

本文作者

逍遥君：南京医科大学博士，主治医师，发表论文20余篇，第一作者或通讯作者SCI论文8篇，主持国自然及各级别课题多项，著有《逍遥君说科研系列课程》，主讲Meta分析、基金标书、论文写作，丁香园、募格学术特约讲师，同时具有多年基金、股市、P2P、数字货币投资经验。

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