技术贴 | R语言:ggplot画柱形图排序着色

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技术贴 | R语言:ggplot画柱形图、排序、着色

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ggplot2函数包ggplot函数geom_bar参数画柱形图。主要方法:利用apply(df, FUN=sum)求和;利用df[order(df$sum,decreasing=T),]倒序;利用scale_x_discrete(limits=factor())设置横轴排序;下面有随机数据绘制柱形图。

一、 输入数据

代码:

set.seed(1995)  
# 随机种子
data=matrix(abs(round(rnorm(100, mean=1000, sd=500))), 1010)  
# 随机正整数,20行,20列
colnames(data)=paste("Sample"1:10, sep=".")  
# 列名-细菌
rownames(data)=paste("Bin"1:10, sep=".")

技术贴 | R语言:ggplot画柱形图、排序、着色

图1

二、求和、排序

参数:

apply(df, n, FUN=sum)

n=1按行求和

n=2按列求和

代码:

sum=apply(data, 1, sum)  # 求和
bin=rownames(data)  # 提取列名
data_sum=data.frame(bin, sum)  # 新建数据框
data_sum=data_sum[order(data_sum$sum, decreasing=T),]  # 倒序

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图2

三、ggplot画图

代码:

library(ggplot2)
ggplot(data_sum, aes(x=bin, y=sum)) +
geom_bar(stat="identity", fill="blue")+
labs(x="", y="Bin abundance")+
scale_y_continuous(expand=c(00))+
# 调整y轴属性
scale_x_discrete(limits=factor(data_sum[,1])) +
# 设第一列为因子,不排序
theme(axis.text.x=element_text(angle=45, hjust=1)) +
# angle:调整横轴标签倾斜角度
theme(panel.grid=element_blank(), panel.background=element_rect(color='black', fill='transparent'))
# 调整背景

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图3

、设置颜色和图例

代码:

ggplot(data_sum, aes(x=bin, y=sum, fill=bin)) +
geom_bar(stat="identity")+
labs(x="", y="Bin abundance", fill="Bin ID")+
scale_y_continuous(expand=c(00))+
# 调整y轴属性
scale_x_discrete(limits=factor(data_sum[,1])) +
# 设第一列为因子,不排序
theme(axis.text.x=element_text(angle=45, hjust=1)) +
# angle:调整横轴标签倾斜角度
theme(panel.grid=element_blank(), panel.background=element_rect(color='black', fill='transparent'))


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图4





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