R语言boxplot大样本分组绘图

Posted 2021-04-18 每日科研

像这种样本量很大的数据
就不能像以往一样挨个设置颜色
因为非常耗费时间
需要采取另一种方法

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简述作图思路

√先用第一组数据画第一组箱线图（用boxplot函数），横坐标范围设置为两组样本合起来的范围（在本图中为1-199），统一设置颜色等参数；

√最后用第二组数据画第二组箱线图 （用boxplot函数），统一设置颜色等参数，用at设置第二组箱线图出现的位置，否则第二组图会和第一组图重叠；

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详情请看代码~

代码

rm(list = ls()) #清除环境

data1<- read.csv("C:/Users/HuMeng/Desktop/data/EFig2a.csv") #导入数据，大家可以用自己的数据试一试，excel里的每一列就对应一个箱子

boxplot(data1[1:98],axes=F,col="white",#使用data1里前98列数据绘图
        border = "#30883e",lwd=1.5, cex=.3, #lwd设置箱框粗细，cex设置孤点大小
        xlim=c(1,199),ylim=c(5,35),xlab = "Samples",ylab = "log2 (protein abundance)",
      cex.lab=1.4, font.lab=1) #y轴不从10开始，是因为方便设置legend，否则legend会和箱线图重叠在一起
boxplot(data1[99:199],add = T,axes=F,at=c(99:199),col="white",
        border="#a82c2e",lwd=1.5, cex=.3) #at设置图出现位置
axis(2,at=c(10,15,20,25,30,35), #2表示设置左坐标轴（y轴）
     label=c("10","15","20","25","30","35"),lwd=2,
     lwd.ticks = 2,
     font.axis=1, #坐标标签“1”为正常，“2”为加粗，“3”为斜体
     cex.axis=1.3) #坐标标签大小,默认为1
legend(list(x=0,y=10),bty="n",title=NA,
       c("Non-tumour","Tumour"),
       pch=c(0,0),col=c("#30883e","#a82c2e"),horiz=T,pt.cex=3,
       cex=1.4,text.font = 1,text.width = strwidth("1000000000000"))

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