R语言学习之路

Posted 2021-04-18 知心医学

生存曲线的R语言

生存曲线简介

生存曲线是用图表示一个种群的生存状况或死亡过程。一般以存活数量的对数值为纵坐标，以年龄为横坐标作图。1958年，Edward L.Kaplan和Paul Meier首次在临床研究中提出了生存曲线的概念，因此又被称为Kaplan-Meier曲线，主要用于对各组患者的生存状况进行描述。

函数介绍

ggsurvplot(
  fit,
  data = NULL,
  fun = NULL,
  color = NULL,
  palette = NULL,
  linetype = 1,
  conf.int = FALSE,
  pval = FALSE,
  pval.method = FALSE,
  test.for.trend = FALSE,
  surv.median.line = "none",
  risk.table = FALSE,
  cumevents = FALSE,
  cumcensor = FALSE,
  tables.height = 0.25,
  group.by = NULL,
  facet.by = NULL,
  add.all = FALSE,
  combine = FALSE,
  ggtheme = theme_survminer(),
  tables.theme = ggtheme,
  ...) 

#ggsurvplot（）是绘制生存曲线的通用函数。具体参数的含义，可在R语言中通过?ggsurvplot获得帮助。所有参数在不设置的情况下，均为默认值。 

survfit()   #根据公式创建生存曲线

surv(time, status)  #如果是自己的数据集，将时间和状态改为自己的标签即可

操作步骤

> library(ggplot2)

> library("survminer")

> library(survival)

> fit<- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)

> ggsurvplot(fit, data = lung,title = "Survival curves",subtitle = "Based on Kaplan-Meier estimates",font.title = c(16, "bold", "darkblue"),font.subtitle = c(15, "bold.italic","purple"), font.caption = c(14, "plain", "orange"), font.x= c(14, "bold.italic", "red"),risk.table =TRUE,pval = TRUE,pval.method = TRUE) 

#此处用的数据是R自带的数据lung，如果处理自己的数据，可先将数据存入工作目录中，然后lung改为自己的数据名称即可  font.title = c(16, "bold", "darkblue"),font.subtitle = c(15, "bold.italic","purple"), font.caption = c(14, "plain", "orange"), font.x= c(14, "bold.italic", "red")  这些均为调整字体大小的函数。

典型实例

Tips

1.SPSS，R语言，Stata，SAS由于都是外国人设计的分析软件，因此输入函数时，一定要记住切换输入法为英文，否则会导致输入的标点符号或者括号系统无法识别
2.如何输入数据是学习每一个软件必须要首先学会的技能，但单纯讨论如何输入数据又显得有些无聊，因此，主要放在实例中，穿插学习。

3.使用Rstudio可视化程度更高，二者语言没有区别，但Rstudio可视化程度更高，也更加傻瓜式。

4.图标的详细调整可以慢慢学习，先通过R自带的一些数据包学会了基本的函数之后，再进行灵活应用。