perl语言小骆驼学习第1章笔记
Posted 果子学生信
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篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了perl语言小骆驼学习第1章笔记相关的知识，希望对你有一定的参考价值。
暑假参加了陈连福老师举办的生信十日课程，对生信分析、linux系统以及perl语言有了初步了解。
回家后发现实际上对于临床专业的科研人员来说:
用好现有的数据库已经绰绰有余，而一般而言我们所说的生信也就是可视化数据库的使用，以及使用R语言作图。
对于稍微有点追求，导师宽容，经济富裕，时间充足，买得起服务器的课题组，系统地学习生信知识尤为重要。
所以我要系统地整理已经有的数据库，并且要做个记录，同时学习perl语言，linux系统，python，Ｒ语言。
教程准备
- 准备的教程是《perl语言入门》俗称小骆驼，纸质版和电子版都有
- 《鸟叔的linux私房菜》http://linux.vbird.org/linux_basic/暂时没有购买纸质版，网上有完整电子版
- 《精通正则表达式》猫头鹰那本
此外，补充一句
作笔记是因为记性差（尤其是到了30岁），发微信是为了交朋友。就是这样
今天学习了《perl语言入门》第一章，这本书又叫小骆驼，传说那几本著名的生信教程封面全是动物，正则表达式是猫头鹰，perl语言编程是大骆驼，学习python是个大老鼠。而我们这支小骆驼名称还有个来历：
骆驼长得有点丑陋，但它们努力工作，哪怕严酷环境下也一样不辞辛劳。骆驼能在种种不利的条件下帮你把事情搞定，尽管它长相丑陋，气味难闻，偶尔冷不丁还会对你吐上几口口水。怎么说呢，perl有时确实有点像他。
介绍一下perl
perl不是缩写词，反倒是溯写字，也就是说当年他的创造者Larry wall首先想到了perl这个词，再想到如何展开解释的，其中一个解释是“Practical Extraction and Report Language（实用摘录与报表语言）”。反正不管他了，暂时的理解就是，这个语言是用于生信分析时处理脚本用的，简单说来，假设我们有一个10000行的文本，我想要把奇数行提取出来，或者把偶数列提取出来，或者把以>开头的行提取出来，这时候就需要脚本语言，而python也可以干这个事情，老一辈的生信学者喜欢用perl，据说用了会上瘾，新一代有些人喜欢用python。
今天的习题
!/usr/bin/perl
@lines =
perldoc -u -fatan2;
foreach (@lines){
s/\w<([^>]+)>/\U$1/g;
print;
}
第一次看这样的文字是在课上，大家都说是天书，其中perl一个被人嫌弃的原因就是他的可读性不高（跟语言本身和使用者有很大关系），经过一段时间的学习，现在竟然能够看懂了。
在这个里面看不懂的最主要原因应该是
s/\w<([^>]+)>/\U$1/g;
这里使用了正则表达式，什么是正则表达式呢，我使用李笑来的定义阐述一下（补充一句，李笑来在“得到”专栏的《通往财富自由之路》课程实在是太有用了）
正则表达式是用来匹配、捕获特定字符串的工具；之后，我们还可以对匹配到、捕获到的对象进行处理，比如替换。
这么一说就很简单明了。
- s///g 表示全局匹配后替换，也就是说三个斜杠中出现了两个空，第一个是我想匹配的内容，第二个空是要替换的内容
- \w<([^>]+)> 这是第一个空的内容，他表示有一串字符，包含有一对<>符号，其中第一个<前面只能有一个字符，两个<>之间不能出现>符号，其中第一个
- \U$1 这是第二个空的内容，￥1表示匹配到的<>里的字符，\U表示把后面的字符全部大写
整个语句表示，打开一个文本，对于每一符合条件的字符匹配，替换，
原始文本如下（截取片段）
X< atan2 > X< arctangent > X< tan > X< tangent >
运行后结果如下：
ATAN2 ARCTANGENT TAN TANGENT
好了今天的内容就是这样
没有图片是因为用的双系统，操作linux的时候无法保存，所以明天准备在mac上面练习。
以上是关于perl语言小骆驼学习第1章笔记的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章