#Perl#使用perl合并多个文本

Posted 2021-04-17 生信杂谈

前几天有个同事请教我安装R的事，然后我甩给他一个R包让他自己去安装。最后因为服务器权限不足，没有安装成功。然后我问了一下是需要什么功能，原来是需要将几个文件整合到一起，我一想，这个perl不就可以解决了。接下来我要安利一下perl强大的文本处理能力了。

首先，假设我有很多个文件，格式如下：

现在我需要整合这几个文件，最终格式如下：

0和1分别表示在对应文件中存在与否（当然也可以是对应文件中的表达值）。

大家第一时间肯定会想到用哈希表，给每个文件设置一个哈希？这个太傻了，而且如果文件很多，那可怎么办….那么用数组，但是数组怎么区分每一行呢？说到这里，可能大家都知道了，没错，用哈希数组。

大概思路是这样的，每当第i个文件的某一行时，检测是否有name对应的哈希key，如果没有，设置以这个name为哈希key的哈希数组为0数组。然后将这个数组的第i个值设置为1就好了。

闲话少说，看代码：

use warnings;
use strict;
my %hash=();
my @tmp=(0)
x@ARGV;
for(my $i=0;$i<@ARGV;$i++){     
    open IN,$ARGV[$i];      
    while(<IN>){     
    chomp;     
    my @sArr=split(/\t/,$_);    
     unless(exists $hash{$sArr[0]}){
            @{$hash{$sArr[0]}}=@tmp;
     }$hash{$sArr[0]}[$i]=1; }close IN;
}
     foreach my $key(keys %hash){
     print join("\t",$key,@{$hash{$key}})."\n"; 
}

是不是很简单，我一般涉及到文本处理是先用perl处理好，之后再用R进行其它计算或者画图就可以了。

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