perl批量处理文件

Posted 2021-04-17 浙江省生物信息学学会

问题：

我想用perl批量处理一批序列文件，就是每个序列单独一个文件，大概一百多个文件，想写个程序，把所有文件批量打开，做处理，然后再关上，改原文件或者生成个新文件都可以。

回答：可以用opendir函数哦。

例子：

#!/usr/bin/perl -w

$dirname = "/tmp";         #指定一个目录

opendir ( DIR, $dirname ) || die "Error in opening dir $dirname\n";

while( ($filename = readdir(DIR))){

print("$filename\n");       #循环输出该目录下的文件。

### do something ###

}

closedir(DIR);

 

上面是循环拿到该目录下的文件。 这样就能循环对文件进行处理了，具体打开某个文件更改后，保存文件这些我就不。

根据上面这个回答，我写了一个实际应用最简单的例子，就是把每个文件复制一次：

#!/usr/bin/perl

use warnings;

use strict;

my (%h, $filename);

my $dirname="/home/liuguiyou/lane6_7/ex/";

opendir (DIR, $dirname)|| die "Error in opening dir $dirname\n";

while (($filename=readdir(DIR))){

         open (FILE, "/home/liuguiyou/lane6_7/ex/".$filename)|| die "can not open the file $filename\n";

         open (OUT, ">/home/liuguiyou/lane6_7/ex/$filename.bak")|| die "can not open the $filename.bak\n";

           while (<FILE>){

                  print  OUT "$_";

}

}

如果想对文件进行处理，可以做适当修改即可，类似于对单个文件的处理

在window下，要对文件进行判断

#!/usr/bin/perl

use warnings;

use strict;

my ($dirname, $filename);

$dirname = "E:/xiao/";        

opendir (DIR, $dirname ) || die "Error in opening dir $dirname\n";

 

while( ($filename = readdir(DIR))){

if ($filename=~"txt"){

 

open (FILE, "E:/xiao/".$filename)|| die "can not open the file $filename\n";

 

 while (<FILE>){

    chomp;

    print "$filename\t$_\n" ;  

   

}

}

}

closedir(DIR);